普通野生稻资源是亚洲栽培稻的始祖,是世界上最重要的粮食种质资源之一,我国科研人员收集的材料形成了庞大的资源库,研究普通野生稻资源的核心种质对于降低研究周期、成本和扩大水稻基因资源库具有极其重要的稻属育种意义.本研究对东乡、博罗、增城、高州、惠来、佛冈、遂溪和琼海8个普通野生稻居群进行SSR和表型遗传多样性分析,同时进行居群的核心种质的构建.结果表明： (1)通过分布在水稻12条染色体的36对SSR引物,进行居群间的多样性分析,居群的有效位点数(Effective number of alleles, ne)、Neis基因多样性(Neis gene diversity,h)、香农指数(Shannons Information index, I)和多态性信息量(polymorphism information content,PIC)平均值分别为1.403、0.239、0.365、0.640,8个居群中增城、高州和遂溪3个居群的SSR遗传多样性较高,东乡、博罗和佛冈的次之,惠来和琼海的最低；(2)通过野生稻13个表型质量性状和数量性状的分析,平均变异系数为0.56,其中二次枝梗数的变异系数平均为2.46,是表型变异的主要来源；居群间表型变异最大的是博罗居群,最小的是佛冈居群.(3)利用NTSYS2.10和SPSS17.0软件进行分子和表型的聚类分析,根据遗传距离较大(遗传相似性系数较小)的材料直接入选核心种质,逐层压缩材料,构建了占原始种质10.84％～20％的核心种质,构建的核心种质能有效覆盖到分子和表型聚类图中的每一个亚群,且能够均匀分布于主成分分布图中,核心种质基因保留率在94.20％～98.82％之间,多样性参数经过T测验显示,核心种质和原始种质多样性差异不显著,说明本研究构建的核心种质具有较好的代表性和保留了较高的遗传多样性.