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鲤是世界上最重要的淡水鱼类之一,在我国的河流和湖泊中广泛分布.而目前对我国主要水系鲤的群体遗传结构和系统进化历史尚缺乏研究.本研究对我国主要水系(黑龙江、松花江、黄河、长江、瓯江、岷江、珠江和额尔齐斯河)鲤的线粒体DNA的COⅡ基因和D-loop区进行了序列分析.Bayesian系统树未发现3个明显的亚种存在：C.carpio haematopterus,C.carpio rubrofuscus和C.carpio carpio；AMOVA分析表明各水系间存在较低程度的遗传分化；基因流表明各迁移子以长江为中心,向北、向南和西北迁移；黑龙江和额尔齐斯河是鲤的东亚类群与欧洲类群的混杂区；当前分布于广东珠江流域的鲤并不属于亚种C.carpio rubrofuscus,而南岭也不是亚种C.carpio haematopterus和C.carpio rubrofuscus的分隔带；长江中下游流域可能是鲤的东亚类群的起源中心.