采用PCR直接测序法和克隆测序法,测定了东北梅花鹿4个品种共12个个体的线粒体基因组全序列,四个品种梅花鹿全长均为16435bp,序列分析结果表明兴凯湖梅花鹿变异位点最多,然后依次为四平梅花鹿、东丰梅花鹿、敖东梅花鹿.四种梅花鹿的颠换对均小于转换对,四平梅花鹿的转换颠换率最大(R=15.0),其次为东丰梅花鹿(R=10.0).兴凯湖梅花鹿与其他梅花鹿间的核苷酸距离较大,其中与东丰梅花鹿的核苷酸距离整体最大,梅花鹿的平均遗传距离为0.03.兴凯湖梅花鹿具有较高的核苷酸多样性(π=0.00369),兴凯湖梅花鹿和东丰梅花鹿核苷酸间的歧异度Dxy最大(Dxy=0.00482),系统进化关系为兴凯湖梅花鹿自成一单系,其他三个品种梅花鹿相互之间互有交叉.