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"卓越工程师计划"提出了构建高等院校与企业联合进行人才培养的创新机制，但现实中部分院校与企业不能有效进行对接沟通，校企合作在落实时的质量或者效果不佳，存在着机制不健全问题。通过分析校企合作培养"卓越工程师"运行机制中的问题，我们可以找出"卓越计划"校企合作的症结所在，建立健全校企合作长效运行机制，实现校企产学研协同培养卓越工程师。