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采用ISSR分子标记技术对兴安、长白和日本落叶松种间以及不同无性系进行了鉴别。从49条引物中筛选出5条ISSR引物可以对落叶松种间进行鉴别，2条ISSR引物可以对落叶松杂种进行鉴别，特异条带个体的百分率为100％，该项技术为落叶松新品种以及良种的准确鉴别提供了新的途径和手段：其中5条引物在日本落叶松、兴安落叶松和长白落叶松不同位置扩增出特异谱带，作为种的鉴定的标准，2条引物分别对兴安落叶松×长白落叶松和日本落叶松×长白落叶松扩增出特异片段，进行杂种的鉴别。