文昌鱼(Amphioxus)是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的过渡物种，在动物进化史上占据重要的地位，是生命科学研究的宝贵活体材料，它在世界范围内均有分布。在我国沿海均有分布，特别是厦门文昌鱼(Branchiostoma belcheri(Gray))曾经以其渔业资源产量大而闻名于世。但是由于环境的污染和过渡的渔业捕捞，文昌鱼的产量已经急剧下降，到了濒临灭绝的地步，被列为我国的二级保护动物。尽管文昌鱼在形态学、生理学、遗传学、生态学上已经做了大量的研究，但是文昌鱼在保护遗传学上研究还未见报道。本研究运用等位酶技术、AFLP技术、微卫星标记技术和mtDNA 12S rRNA、mtDNACOⅡ 和mtDNACOⅢ 标记技术研究厦门保护区文昌鱼基因频率的分布、遗传多样性、遗传分化等保护遗传学方面的内容。同时，根据以上研究，确定厦门文昌鱼的进化显著单元(ESU)和管理单元(MU)，以期为厦门文昌鱼保护策略的制定提供依据。