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虹鳟鱼是一种主要的商业和冷水鱼,通常受到高温的影响。基因表达分析是了解虹鳟热应激机制的重要方法之一。定量实时PCR（RT-QPCR）是分析基因相对表达的有效方法。影响彩虹鳟RT-qPCR的因素很多,包括参考基因,但在热应激条件下,尚未发现虹鳟理想的参考基因。本研究基于RNA和miRNA高通量测序,从虹鳟肝脏和头肾中筛选出几种表达稳定的m RNA和microRNA,并筛选出四种常用参考基因和一种snRNA（U6）进行鉴定。用RT-qPCR方法检测虹鳟热应激时m RNA和miRNA的表达水平。应用geNorm、NormFinder、BestKeeper和ΔCt方法分析RT-qPCR数据,系统地评价这些候选m RNA和miRNA的表达稳定性。最后,采用几何平均数的方法对候选参考m RNAs和miRNAs的稳定性进行排序。最后结果显示,β-actin和EF1-α分别是肝和头肾最稳定的内参m RNA。Ssa-miR-26a-5p是肝脏中最稳定的内参miRNA,ssa-miR-462b-5p是头肾中最稳定的内参miRNA。本研究首次在热应激条件下对虹鳟RT-qPCR分析中合适的参考m RNA和miRNA进行筛选。