近年来,我国现有的生态补偿措施在设计和实践上都是困难重重,恰逢全国和省级层面主体功能区域的划分,正好为生态补偿在研究和实践上的突破迎来新的契机,而生态补偿主则是主体功能区规划有效实施的重要保障机制。本文首先分析了广东省生态补偿现状,总结广东省生态补偿存在主要问题表现在(1)补偿要素单薄,(2)区际间的生态补偿仍然未成体系,(3)地方配套资金筹集困难,补偿力度不足,(4)补偿标准"一刀切",(5)环境管理部门多元化等。在此基础上,探讨了广东省主体功能区的生态补偿模式:结合前人对生态补偿理论的相关研究和主体功能区的内涵和职能,提出生态补偿模式的基本框架及其特点;将广东省生态补偿模式具体细化为纵向补偿模式和横向补偿模式两种,其中纵向补偿模式是一种以政府为主导的主体功能区生态补偿模式,横向补偿模式是一种以市场为导向的主体功能区生态补偿模式;然后从资金流向和补偿领域两个角度出发深入探讨基于主体功能区的生态补偿模式的运转方式和路径;最后系统构建了广东省主体功能区生态补偿模式的建立方法。最后,以规划实施试点——清远市为例,立足全省,选取基本农田、生态公益林和水资源三种生态限建要素搭建广东省主体功能区生态补偿机制框架,初步提出了补偿模式的框架、补偿的主体和对象、补偿资金的来源、具体措施和相关政策等,以期为推动广东省生态补偿机制的建立、保障广东省主体功能区规划的有效实施提出一点建议。