虫草是一类非常重要的虫生真菌资源(全球已描述约500种)，具有珍贵的药用价值和保健作用，已形成一个很大的产业.部分虫草(如冬虫夏草)由于过度采挖，导致野生资源严重萎缩，而真正实现全人工栽培的虫草种类只有寥寥几种，严重制约虫草资源的可持续利用和虫草产业的健康发展.这就要求我们加快虫草群体遗传相关的研究，并从野生虫草中进行可开发资源的再挖掘.近年来，本课题组以虫草中最知名的冬虫夏草和蛹虫草为研究对象，系统开展其遗传多样性、起源与进化及真菌群落等方面的研究，得到以下研究结果：1.通过多基因序列分析，发现藏南地区是冬虫夏草菌的起源中心，并进一步发现冬虫夏草菌与寄主昆虫间存在复杂的进化关系.该方面的研究结果对通过划定自然保护区有效地保护冬虫夏草野生资源，以及对指导冬虫夏草人工栽培具有重要的参考价值.同时，该工作对于开展其它非模式生物的群体遗传学研究，以及研究其它真菌——宿主体系中双方的互作关系具有借鉴意义.2.结合经典的分离培养方法和免培养的分子生物学方法，发现天然冬虫夏草群落中具有丰富的、值得开发的真菌资源.我们在该方面的研究结果增加了对冬虫夏草群落中真菌多样性的认识，丰富了我国的药用真菌资源，而且对冬虫夏草的人工规模化培育和深度开发具有重要意义.3.通过比较线粒体基因组学分析，发现蛹虫草在线粒体DNA上具有明显的遗传分化，表现出线粒体内含子的插入缺失多样性.该工作不但揭示了蛹虫草在mtDNA上较高的遗传分化，而且所发现的线粒体内含子的插入缺失多样性可作为今后研究蛹虫草群体遗传结构、线粒体遗传机制等的分子标记.