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斯氏高原鳅(Triplophysa stoliczkae)分布于青藏高原及其毗连地区,广布在高海拔地区,是世界上分布最高的鱼类。目前,对于高原鳅属鱼类的研究越来越多,但主要集中在新种的描述、物种订正和系统分类学研究,斯氏高原鳅的研究较少,至今为止,还没有线粒体基因组的报道。在本研究中我们通过设计保守引物、使用高保真PCR反应和引物步移测序法测序了斯氏高原鳅全线粒体基因组序列。斯氏高原鳅的线粒体基因组全长16,571 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA(transfer RNA),2个rRNA(ribosomal RNA),一个非编码区域,即控制区。除了8个tRNA和nd6基因,绝大多数的线粒体基因编码在H链。H链的整个碱基的组成为:A:28.1%,T:29.0%,C:25.0%,G:17.9%,富含A+T(57.0%)。通过和高原鳅属己报道的其他物种的cytb基因的序列进行比对,发现了斯氏高原鳅和东方高原鳅(Triplophysa orientalis)有着最多核酸序列的同源性,且同源性为94.5%,A+T的含量均高于G+C的含量。斯氏高原鳅的控制区长度为917 bp,在己报道的高原鳅属物种的控制区长度范围之内(917-930 bp),和高原鳅属的其他物种一样,有着丰富的A+T含量,并且A+T的含量远高于G+C的含量。通过本研究,进一步补充了斯氏高原鳅的分子数据,同时也促进高原鳅属鱼类的进一步研究。