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本文针对序列比对问题进行研究，利用用免疫遗传算法来解决序列比对问题。通过对具体数据进行的试验，对更新后的免疫遗传算法的细节进行了分析，并把此更新的算法与传统的用遗传算法来解决序列比对问题的方法进行比较，对比两种算法在结果质量上的差别，得出了把免疫算法加入到遗传算法后可以更好地避免未成熟收敛，并使结果在更小的迭代次数内更好的趋近最优解的结论。