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低谷蛋白稻米是肾脏病人非常有效的食疗辅助品,因此,培育低谷蛋白功能性水稻品种具有着重要的意义。Lgc1低谷蛋白基因作为培育低谷蛋白功能性水稻品种的优质资源,受到了育种家的青睐。为了提高Lgc1低谷蛋白基因分子标记辅助选择的准确性,根据其突变体在两个谷蛋白基因GluB4和GluB5间存在的碱基缺失,设计出了Lgc1基因的标记InDel-Lgc1-A和InDel-Lgc1-B。利用标记对W3660(Lgc1低谷蛋白品种)/南粳46(谷蛋白正常品种)的F2分离群体和其它12份谷蛋白正常的水稻品种进行检测验证。依据其PCR扩增产物的电泳带型,可以准确地区分出低谷蛋白纯合基因、谷蛋白正常纯合基因和杂合基因型3种带型,且3种带型与其植株或品种相应的蛋白性状表现完全一致,表明这两个标记可用于Lgc1低谷蛋白基因资源的鉴定以及分子辅助育种。