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随着分子生物学的飞速发展,生物信息学作为一门信息及计算机科学、数学、物理、化学等同现代分子生物学相结合的新兴交叉学科,也开始快速的成长起来。利用这些数字化信息,生物信息学可以解决分子生物一些难题,预测其结构,甚至模拟出大分子结构。
另一方面,是否mRNA的结构对于翻译过程的调控具有举足轻重的作用一直以来都引起广泛的兴趣。这些年来,有许多研究集体正努力揭示mRNA所携带的信息与蛋白质结构的微妙联系。而核糖体高分辨率的结构的解析,也为研究mRNA在核糖体中的结构特点提供了巨大帮助。
本文主要针对脂肪酸结合蛋白(FABP)家族的mRNA编码区进行的研究。FABP属于一个保守的多基因家族-胞内脂质结合蛋白(iLBP)家族。尽管iLBP在氨基酸序列和配体结合特异性方面有着高度的分化,但整个蛋白质家族都拥有共同的保守的三维折叠结构。
我们先搜索PROSITE数据库,找到了92个与FABP家族相关的蛋白质序列,然后对样本进行了序列比对,并且从mRNA折叠能量的角度来研究序列和结构的关系。然后,针对Cortazzo等人设计的细粒棘球绦虫脂肪酸结合蛋白质-1(FABPl_ECHGR)沉默突变实验的有趣结果,我们也进行了相关mRNA二级结构的系列研究。
结果表明,FABPmRNA编码区前段区域(大约150nt以前)相对较为保守,并且倾向于折叠成能量较低的mRNA二级结构。结合Cortazzo等人的结果,我们推测FABP家族的mRNA编码区的折叠结构也会影响核糖体在mRNA上的移动速率,进而影响了FABP蛋白质三维结构的形成,而进化选择会最终影响到这些复杂相互作用的协调性。
总之,mRNA编码区的结构与对应的蛋白质结构的关联关系还远没有被我们所完全认识,这是一个很吸引人的课题!