蛋白质组学研究的目的在于完整的对生物体内表达的蛋白质进行定性和定量分析,质谱由于其灵敏度、准确性,使其成为蛋白质组学研究中的核心技术平台。数据非依赖型采集模式,是针对传统的质谱采集模式的弱点所开发的新方法,由于其对于母离子的选择是无偏性,可以较好的满足后续定量分析的要求,但是由于缺少选择特定母离子的过程,其原始数据缺少母离子-子离子的对应关系,无法直接兼容现有的数据分析流程。本论文首先针对实验中所使用的质谱仪器,进行参数优化和数据采集方法的优化,建立结合两种采集模式优点的数据采集方法;采用分子特征抽取的手段,对数据非依赖型采集模式下的原始数据进行分子特征抽取,并利用局部最大值的方法,判断图谱中离子的洗脱轮廓,利用洗脱轮廓来建立母离子-子离子的对应关系。同时,利用图论中的最小生成树原理,对数据中的图谱进行聚类,以减少冗余图谱,加快后续分析速度;此外,利用多肽碎片中互补离子的特性,对原始数据进行特定母离子的增加,用于提高蛋白质鉴定数目和蛋白质鉴定覆盖率。最后,针对大数据时代的数据分析特点,建立整合不同算法、不同应用方向的分析流程,以建立对蛋白质组学数据进行深度分析的技术平台。