基于制度结构理论，制度有内在制度和外在制度之分。本文建立了土地整理中生物多样性保护制度结构分析框架，分别从内在制度和外在制度的现状入手，分析土地整理中的生物多样性保护制度。内在制度从“顺其自然”观念与生物多样性保护、农耕文化与生物多样性保护两个方面进行介绍，从分析中得知内在制度中有很多利于生物多样性保护的因素；外在制度从土地整理法律法规、政策和技术规程三方面入手分析，得出外在制度对生物多样性保护不完善的结论。并且在通过外在制度和内在制度的适应性分析后指出需要建立完善的、能适应内在制度的外在制度。为了探讨能建立适合内在制度的外在制度，本文还通过案例进一步研究了土地整理中生物多样性保护的内在制度，得出了土地整理中生物多样性保护内在制度具有多样性的结论。最后，从土地整理法律法规、政策、技术规程三个方面进行土地整理中生物多样性保护外在制度的构建后，又从组织机制的建立、政策的再制定机制的建立、奖惩机制的建立、监管机制的建立、认知与目标共同机制的建立这五个方面进行了土地整理中生物多样性保护制度的实施机制的设计，以保证适应内在制度的外在制度能有效实施。