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侧柏起源于中国,是我国重要的荒山造林绿化树种,具有极为丰富的种质资源。本研究对侧柏优树种子质量进行测定,建立侧柏种子园对侧柏种源进行生长指标测定,生理生化指标测定,并利用SSR分子标记进行侧柏半同胞家系遗传多样性分析,对不同侧柏半同胞家系进行亲缘关系聚类分析,为侧柏半同胞家系保存、评价和利用提供理论基础。主要研究结果如下:（1）侧柏种子质量评价15个侧柏优树种子品质差异均达到显著水平,其中优树种子千粒重排名最高的为T-10#,重量为22.91g,最低的为66#,重量为13.63g,各优树种子平均重量为19.058g,最大值与最小值相差9.28g;优树种子发芽率排名最高的为162#,发芽率为64.98%,最低的为49#,发芽率为2.91%,各优树种子平均发芽率为25.552%,最大值与最小值相差39.428%;优树种子发芽势排名最高的为162#,发芽势为24.27%,最低的为170#,107#,49#,发芽势均为0%,各优树种子平均发芽势为10.19%,最大值与最小值相差24.27%。（2）侧柏半同胞家系苗期生长评价15个侧柏半同胞家系生长指标,差异均达到显著水平,其中苗高排名最高的为162#,苗高为45.86cm,最低的为66#,苗为25.7cm,各侧柏半同胞家系平均苗高为36.71cm,最大值与最小值相差20.16cm;地径排名最高的为167#,地径为0.57cm,最低的为66#,地径为0.356cm,各侧柏半同胞家系平均地径为0.44cm,最大值与最小值相差0.214cm;枝叶数排名最高的为162#,分枝叶数为158.20片,最低的为34#,分枝叶数为91.6片,各侧柏半同胞家系平均分枝叶数为128.95片,最大值与最小值相差66.6片。苗高速生期集中在6月中旬到8月中旬;地径速生期集中在7月上旬到8月中旬;分枝叶数加速展叶早于苗高和地径,在5月上旬到5月中旬就已加速展叶。随后生长逐渐放缓。侧柏半同胞家系生长指标与优树种子千粒重、发芽率、发芽势呈现正相关。（3）侧柏半同胞家系生理生化评价侧柏半同胞家系NR活性、可溶性糖含量、叶绿素含量、POD活性均呈现显著差异水平。NR活性排名最高的为167#,含量为16.41μg·g-1h-1,最低的为93#,含量为11.83μg·g-1h-1,各侧柏半同胞家系平均NR活性为14.20μg·g-1h-1,最大值与最小值相差4.58μg·g-1h-1;可溶性糖含量排名最高的为198#,含量为956.25μg·g-1,最低的为66#,含量为409.38μg·g-1,各侧柏半同胞家系平均可溶性糖含量为631.81μg·g-1,最大值与最小值相差631.81μg·g-1;叶绿素含量排名最高的为162#,含量为7.08mg·g-1,最低的为34#,含量为1.94mg·g-1,各侧柏半同胞家系平均叶绿素含量为4.216 mg·g-1,最大值与最小值相差5.14 mg·g-1;POD活性排名最高的为167#,含量为56.8μg·g-1.min-1,最低的为T-10#,含量为5.34μg·g-1.min-1,各侧柏半同胞家系平均POD含量为30.02μg·g-1.min-1,最大值与最小值相差51.46μg·g-1.min-1。（4）侧柏优树种子特性、侧柏半同胞家系生长及生理生化相关性分析各地侧柏优树种子指标测定与苗木生长指标呈现正相关性。在生理生化指标与生长指标相关系测定中,NR活性与地径呈现显著正相关;可溶性糖含量与苗高、地径呈现显著性正相关;叶绿素含量与苗高、地径、分枝叶数呈现显著正相关;POD活性与地径呈现极显著正相关。（5）基于SSR分子标记的侧柏半同胞家系遗传多样性分析18对引物扩增的平均在135277条之间,平均扩增出的片段大小为233.5556,各种源多态条带差异较大。不同侧柏种源的遗传多样性差异显著,观测到的等位基因（Na）变幅为317;有效的等位基因数（Ne）变幅为1.00762.7083;Nei’s基因多样度（H）变幅为0.00750.6308;Shannon信息指数（I）变幅为0.02491.3125。15个侧柏半同胞家系平均Na=6.1111、Ne=1.514,H=0.2761、I=0.5646。侧柏半同胞家系种级水平观测的等位基因数为Na=3.8331,有效等位基因数Ne=0.5173,Nei’s基因多样度H=0.2038,Shannon信息指数I=0.3868,四个参数在种级水平上显著低于种源水平。遗传分化程度Fst=0.1297,说明群体间分化程度呈中等。Fis统计量平均值为-0.057,表示群体杂合过量。遗传分化系数计算得到种级水平的基因流Nm=1.6775,说明侧柏15个种源区间存在适度的基因交流。（6）侧柏半同胞家系选择通过对1年生侧柏优树种子千粒重、发芽率、发芽势,以及侧柏半同胞家系的苗高、地径、分枝叶数、NR活性、叶绿素含量、POD活性共计10个指标进行综合性评价,共选择出优良速生侧柏半同胞家系6个,分别为162#（枣庄市峄城区吴山村）,167#（滕州市柴胡店镇）,140#（枣庄市山亭区石佛寺）,198#（枣庄市山亭区北峪）,49#（枣庄市山亭区大苗山）。