本课题克隆两种基因，分别为松江鲈鱼Cyt b基因和日本真鲈MyD88基因，前者采用通用引物直接进行PCR扩增，后者采用SMART RACE PCR方法扩增，然后分别建立荧光定量PCR检测方法。　　 松江鲈鱼Cyt b基因，全长为1141bp，T、C、A、G的平均含量分别是28.2％，32.0％，22.9％，16.8％。该基因显示出脊椎动物Cyt b基因的共同特性，在第三位密码子表现出明显的反G偏倚。Tajima’s中性测试得到核酸多样度π=0.4674％。通过Mega4.0软件分析杜父鱼科遗传距离，并用邻接法、最小进化法和算术平均加权的组对法构建系统树。杜父鱼科群体间比对发现松江鲈鱼与其他的杜父鱼的遗传距离最大，亲缘关系最远，而在系统树中松江鲈鱼自成一支，并且先于其他杜父鱼分化出来。与日本真鲈相比，松江鲈鱼与其他杜父鱼遗传距离较小，亲缘关系更近。本实验建立了荧光定量PCR方法检测松江鲈鱼Cyt b基因，并通过了特异性和灵敏度检验，测出检测限为3.20×102拷贝/反应。建立的定量PCR方法可以对松江鲈鱼进行快速、有效的种质鉴定，有利于对松江鲈鱼的保护，为其他物种的种质鉴定提供参考。　　 日本真鲈MyD88 cDNA全长序列，共1739bp，其中5’-UTR为105bp，3’-UTR为731bp，ORF为903bp，编码300个氨基酸，分子量为34.02kDa。在3’-UTR终止密码子下游存在一个polyA加尾信号ATTAAA。ORF包含死亡结构域和TIR结构域，死亡结构域由80个氨基酸组成，TIR结构域包由144个氨基酸组成。比对日本真鲈、部分鱼类和小家鼠MyD88基因，发现MyD88的TIR结构域比死亡结构域更保守，TIR结构域同源性基本大于80％，而死亡结构域同源性一般介于60％～80％之间。比对氨基酸序列，找到TIR结构域中的三个保守区：box1、box2和box3。采用MegAlign软件分析13个物种的MyD88基因，构建的系统树与各物种的分类基本符合，但系统树中有两个分支经bootstrap检测置信度较低，分支结构不可靠，说明虽然MyD88基因保守性强，但是不适合用于物种亲缘关系分析。本实验建立的日本真鲈MyD88基因的相对荧光定量PCR检测方法，以18S为内参基因，膀胱组织作为对照，用该方法分析健康日本真鲈各个器官和组织中MyD88基因的表达情况，结果表明MyD88基因在11种组织中均有表达，肾脏、脾脏、口腔上皮和鳃的基因表达量最高，而其他组织中的表达量较低。相对定量PCR方法的建立，为进一步了解鱼类MyD88的免疫表达机制做准备。