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从7个天然居群（井冈山西平、井冈山和遂川交界处、铜鼓龙门、宜丰官山大西坑、小西坑、宜春明月山和军峰山）和一个栽培居群（庐山居群）采集穗花杉样本,以改良CTAB法从穗花杉叶片中制备模板DNA,优化了PCR循环参数,建立了RAPD-PCR和ISSR-PCR扩增的最佳反应体系,筛选出能扩增多态性片段较多且扩增稳定的引物,通过用12条RAPD引物和10条ISSR引物分别对74个和66个穗花杉个体的基因组DNA进行扩增,对穗花杉居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究。 实验结果表明CTAB提取液中丙酮去色素处理可以提高产物的纯度,但产率较低;另外CTAB提取液的抽提时间对产率影响较小。RAPD-PCR扩增条件经过优化后确定为20μl PCR反应体系中,10×Buffer缓冲液2μl,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs 0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U;RAPD最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃ 1min、37℃ 1min、72℃ 2min,40个循环;72℃ 10min,1个循环。ISSR扩增条件经过优化后确定为:20μl PCR反应体系中,2μl10×Taq酶配套缓冲液,1.8 U Taq聚合酶（上海生工公司）,0.2 μmol/l引物,0.18 mmol/l dNTPs,1.5～2.5 mmol/l MgCl2,10 ng/μl模板DNA;ISSR-PCR扩增反应程序:94℃ 5min,1个循环;94℃ 30S,50℃（46-54℃不定）45S,72℃ 1.5min,35个循环;72℃ 7min,1个循环:4℃ 30min。 本研究共对120条RAPD引物和100条ISSR引物进行了筛选,分别筛选出扩增条带较多、信号强、背景清晰的12条RAPD引物和10条ISSR引物用于8个居群DNA样本扩增。结果为:RAPD标记技术共产生了90条带,其中多态性带为78条,多态性位点百分率（PPL）为86.67%;ISSR引物标记技术共产生了61条带,其中多态性带为51条,多态性百分率（PPL）83.61%。 根据不同个体的扩增图谱构建了0、1矩阵（其中模糊带和弱带不计）输入计算机。对RAPD数据处理结果如下:POPGENE分析结果表明,穗花杉具有丰富的遗传多样性,官山大西坑（DK）居群遗传多样性水平最高（PPL=74.44%,h=0.3178,I=0.4567）,庐山（LS）居群的遗传多样性水平最低（PPL=10%,h=0.0414,I=0.0605）。Nei’s遗传多样性分析和AMOVA分析表明,