科技创新作为企业和国家保持先进性的重要手段，我国就提出了要建立创新型国家的口号。但是何种合作模式才能够更有效的促进创新和合作深度是我们需要探索的。本文针对供应链结构中创新的合作方式及其机制问题进行研究，在不同供应链结构下，考虑竞争强度、创新投资参数、市场份额比例等参数对创新成果、市场价格、收益、合作机制的影响。主要研究成果如下：竞争链与链存在技术溢出的结构中，分别讨论制造商单独投资、有溢出的制造商单独投资、有溢出的联合投资三种情况。当制造商单独投资创新时，创新是强势制造商的占优策略。技术溢出使强势制造商和其零售商都遭受绩效的损失，降低研发成本，研发成果减少，弱势制造商会有绩效的大幅提升。联合投资时，强势制造商和其零售商都能获得更高的绩效，研发成果增加。强势制造商产品的市场价格受其市场份额的正向影响，并且随着投资参数变大而变大。弱势制造商产品的市场价格受其所占市场份额反向影响，但是随着投资参数的变大而变小。有技术溢出时，研发成果随着投资参数变大而变小，但随强势制造商所占市场份额变大而变得更高。联合投资时，零售商的最佳研发成本分担比例随着投资参数变大而变小，随竞争强度的变大逐渐变小。在一个上游供应商、两个竞争的下游制造商的通用型供应商结构中，分析无合作创新、无技术溢出效应、技术溢出效应三种情况。得出：（1）市场竞争强度较低且节约成本分享比例较高；（2）市场竞争强度较高且节约成本分享比例适中；（3）市场竞争很激烈且节约成本分享比例较高时，强势制造商和零件供应商会达成技术溢出合作创新机制。其他情况下，强势制造商和零件供应商之间会形成无技术溢出合作创新机制。对于弱势制造商，当无技术溢出效应时弱势制造商获得的收益低于无合作创新时的收益；在技术溢出合作创新时，当竞争强度较低并且节约成本分享比例很高的时候，弱势制造商获得的收益低于无技术溢出效应时；其他条件下，弱势制造商获得更高的收益。这些结论对于强势制造商选择何种策略使自己能够获得竞争优势，吸引上游的零件供应商合作，并且打击竞争对手能够提供一些参考，为制造商管理供应商提供了另一种视角。