菲律宾是长期遭受恐怖主义威胁的国家,自20世纪90年代以来,菲律宾本土恐怖组织和基地组织等国际恐怖组织在菲分支逐渐在菲南地区开展活动,并于90年代末达到高潮。911事件后,由于菲律宾政府加大了打击恐怖主义的力度,菲律宾境内恐怖组织的活跃程度有所减弱。2014年伊斯兰国崛起后,一些菲律宾本土恐怖组织纷纷宣布效忠伊斯兰国,并以伊斯兰国在菲分支名义发动多次恐袭,意图在菲南地区建立一个属于伊斯兰国的省份。长达三十年的恐怖主义活动给菲律宾国内政治稳定和经济发展造成多重不利影响,但911事件后菲律宾与美国和中国进行的反恐合作也为菲美安全关系和中菲关系在新世纪的发展提供了助力。同时,菲境内发生的重大恐袭事件如“马拉维冲突”也因其巨大的破坏性在国家和地区两个层面给菲律宾的政治、经济和外交发展造成了一定影响。新世纪以来菲律宾历届政府都较为重视反恐工作。自2001年阿罗约执政后,菲律宾政府设立了包括“内阁内部安全监督委员会”和“反恐工作队”等多个反恐职能部门,颁布了第9372号共和国法案“人类安全法”和第11479号共和国法案“2020年反恐怖主义法”两部反恐法律,制定了以武力打击、和平谈判等为重点的反恐政策,采取了“硬”、“软”两个方面的反恐措施,并与美国、中国和澳大利亚等国家及东盟、亚太经合组织等国际组织在开展了反恐合作。新世纪以来菲律宾政府的反恐工作虽取得了“大量消灭恐怖分子”、“改善菲律宾南部恐怖主义滋生地的社会经济环境”等成效,但也存在“反恐政策不连贯”、“反恐职能部门协调能力差”和“打击恐怖主义的有效法律工具仍显不足”等问题。