随着世界以及我国环境问题越来越严峻,如何保护环境逐渐成为我国执政党以及政府所关注的重点议题之一。当然,法律作为环境治理的另一有力的工具。大致可以看出,我国虽然对环境犯罪的法网越织越密,一方面,我国不仅存在行政法规对该问题进行了规制,另一方面,在刑事方面对其修改完善无不体现出对环境问题实现了二元制裁体系。然而,即便如此,我国环境问题反而呈现出越演越烈的态势。我国刑法在历经了多次修改之后,也逐渐确立了污染环境罪。如何在司法实践中适用好本罪名,还存在较大的争议,有必要对污染环境罪的具体司法适用问题做进一步的研究。从法的运行规律看,立法表达是司法适用的规范基础,故污染环境罪的立法模式与内容沿革之考察系研究该罪司法适用的前提。基于环境问题的严重性,无论是在英美法系的美国、英国,还是大陆法系的德国、日本,都通过了大量的成文法进行应对和规制。在美国、英国,没有统一的刑法典对其进行专门的立法规定,其相关的刑事处罚罚则均散见在不同的法律之中,在环境保护的理念上,特点依然显著。德国、日本,在立法模式上都呈现出多元化的特征,在实体与程序问题上,无论是德国还是日本,均不再分离。我国关于环境问题的刑法保护大致经历了“初创阶段”、“发展阶段”以及“完善阶段”三个发展过程,这种立法变迁主要是对越发严峻的问题的回应。虽然污染环境罪随着产生、发展以及修改之后而逐渐变得详细和完善,我国对污染环境罪的规制也明显带有中国的特色。我国刑法在2011年以及2021年对污染环境的行为进行了进一步的规制。在具体的构成要件的内容上,不仅进一步严密了法网,而且在法定刑的设置上也更趋向于合理化。就本罪的司法适用而言,其首当其冲需要研究的是保护的法益问题。虽然大陆法系与英美法系存在不同的法律制度和传统,但是对环境保护的价值立场并不存在实质性的差异。因时代不同,所体现的法益论也呈现不断变迁和进化的状态。同样,我国污染环境罪从创设之处到发展至今,也不断出现过“传统的利益说”、“环境法律关系说”、“环境权法益说”、“管理秩序说”、“生态法益论”以及“综合说”等观点的对立。对林林总总观点的归纳和总结,均可归纳出“纯粹的人类法益论”与“纯粹的生态法益论”之间的对立。立足于我国目前立法以及司法解释的规定,我国对污染环境罪的法益可以归纳为“生态—人类”法益论,其对于判定各类污染环境行为的入罪以及既遂标准均具有重要的价值和意义。从司法适用角度看,污染环境罪的司法适用包括了定罪与量刑两个阶段,简言之,即作出是否犯罪、有无刑责以及如何量刑的判罚。因此,有必要在明确此罪的保护法益基础上,围绕上述内容对本罪的具体适用展开进一步研究:第一,在污染环境罪的客观要件适用上,虽然表面上看本罪的客观要件较为清晰明确,但是在司法适用过程中,依然存在不明确之处。首先,确定“违反国家规定”界限和范围无需突破刑法第96条规定的界限,且“违反国家规定”与“缓和的违法一元论”存在契合,因此在现有的法律体系下,需要通过分类解析的方式进一步确定其范围和边界。其次,虽然刑法条文以及相关的司法解释规定了非法处置的内容,但是存在一定的误读,在具体的认定过程中,需要通过目的解释论进一步明确其范围,对其解读不仅应置于整体的生态目的之下,而且还需要置于具体的人类目的之下。再次,如何认定“严重污染环境”,虽然存在“行为的认定标准”、“结果的认定标准”、“综合的认定标准”以及“兜底的认定标准”的对立。但是从语义解释以及法益论的角度来看,“严重污染环境”应当是结果犯。因此,需要根据结果的认定标准,对其具体的范围进行重构。最后,因果关系是认定行为人是否应当刑事责任的基础和条件,关于污染环境罪的因果关系不仅复杂而且学说庞杂,但是现有的理论并不能解决相关问题,因此立足于客观归责理论之下,通过“制造不被允许的风险”以及“实现不被允许的风险”两个阶层进行判断,能够有效限缩污染环境罪的处罚范围。第二,在污染环境罪主观要件的适用上,《刑法修正案（八）》尚未对该罪进行修改之前,由于法条很明确的表明其内容是需要结果发生的事故,因而在主观方面属于过失犯并无多少争议。但是修改之后的主观内容为何,则在司法适用的过程中存在“故意说”、“过失说”以及“双重罪过说”的对立。从目前的判决结果来看,这三种理论都被司法机关所采用。但是,上述的各种主张在理论上不仅存在各种破绽,而且也不利于司法机关统一判决,所以造成了同案不同判的现象较为突出和明显。因此,与其如此无休止的争议,不如在理论的采纳上另辟蹊径,采取“相对的严格责任说”。在司法适用中具体应用该学说,一方面坚持实体上推定之规则,另一方面需要坚持程序上反证之规则。第三,在污染环境罪的刑罚适用上,目前污染环境罪的判罚立场存在严重的偏离,主要表现在“单位追诉率偏低”、“缓刑适用率偏高”、“罚金刑的司法适用薄弱”以及“受雇人员入罪标准不一”等弊端。对于污染环境罪的判罚首先应当确定正确的立场,不仅需要以罪刑相适应原则作为判罚的重要依据,而且以宽严相济刑事政策作为判罚的限度。在具体规则的建构中,需要通过客观归责理论对“受雇人员”的范围进行进一步厘清,而且在未来需要建立统一的量刑指导意见来统一目前混乱的判罚标准。