真菌病毒是指侵染真菌的病毒。与其它类型的病毒相似，真菌病毒可以在宿主中复制。丝核菌属是可以导致作物产量损失并干扰其生长发育过程的植物病原真菌。本研究从稻丝核菌株40-1中分离克隆出了一个线粒体病毒RoMV1（Rhizoctonia oryzae-sativae mitovirus1）和一个双分病毒RoPV1(Rhizoctoniaoryzae-sativae paritivirus1)。线粒体病毒RoMV1的cDNA全长含有3096个核苷酸，推定含有一个编码RdRp的开放阅读框(ORF)，该ORF编码的RdRp具有4个保守的RdRp结构域。多重比对及聚类分析，表明该线粒体病毒与来源于Rhizophagus sp.RF1的线粒体病毒有31％的相似性，与其它线粒体病毒有28％-44％相似性。此外线粒体病毒RoMV1的5和3非编码区可以折叠成稳定的茎环结构，而且末端的反向互补序列可以形成一个“锅柄”结构。因此，RoMV1是一个线粒体病毒新种。进化分析表明线粒体病毒RdRp进化与植物线粒体基因组中RdRp-like基因进化相关。双分病毒RoPV1含有两条dsRNA片段(RNA1和RNA2)，RNA1的cDNA全长含2186个核苷酸，有一个推定的编码RdRp的ORF;获得部分RNA2的cDNA序列（1014个核苷酸），编码推定衣壳蛋白。多重比对及聚类分析表明，双分病毒RoPV1的RdRp与樱桃致病相关真菌病毒有70％的相似性，而其部分衣壳蛋白序列与Diuris pendunculata潜隐病毒有28％相似性。诸如Diuris pendunculata cryptic virus和Amasya cherry disease-associatedmycovirus的双分病毒科的成员都以植物作为宿主，该特性可以探讨真菌病毒的生态学进化相关研究。本论文首次报道了稻丝核菌中携带有隶属于裸露病毒科和双分病毒科的线粒体病毒RoMV1和双分病毒RoPV1。