在经济全球化背景下,区域经济一体化成为我国当前经济发展的必然选择,区域合作也成为各地区谋求发展最大化的必然趋势。继“长三角”区域迅猛发展之后,珠三角地区各成员也为了谋求合作与共同发展,提出了经济一体化的主张和愿望,并采取了相应的积极措施。随着区域合作的深入发展,行政协议作为一种重要的合作方式应运而生,开始在实践中受到重视,并在珠三角一体化合作的过程中得到广泛应用,逐渐发展成为最重要的合作机制之一。但是行政协议作为区域经济合作实践中创造出的产物,并无法律上的依据,属于行政法领域内的新生事物。正是因为行政协议的不确定性,导致在珠三角区域一体化中难以取得预想的实效。因此,本文首先对行政协议的基本理论知识进行简要的概述,其次以珠三角区域的发展为切入点,通过收集珠三角一体化进程中政府间合作签署的行政协议,对其文本和使用现状进行分析,指出行政协议存在法律依据缺乏、法律效力不确定、缔结程序缺乏公众参与、缺乏责任条款和纠纷解决机制等缺陷和问题,分析其存在问题背后的原因,最后通过借鉴域外行政协议的成功经验,结合珠三角地区的现实情况,提出相应的完善措施,更好地指导珠三角区域经济合作中行政协议机制的规范和有效运用,以促进珠三角区域经济合作的良性发展。