黄瓜花叶病毒是世界上流行的植物病毒之一,其寄主范围广泛且较难防治,对农业生产造成严重危害。辣椒作为世界上重要的蔬菜作物之一,其抗病毒病育种已被我国作为辣椒育种的主要目标之一。本研究采用辣椒抗黄瓜花叶病毒的材料“perennial”与园艺性状优良的感病材料“茄门”,及其F2代群体146个单株为试验材料,采用SRAP和SSR分子标记技术,分析其在F2代上的多态性,构建辣椒遗传图谱。并在F2代146个单株自交得到的F3代群体(4380单株)上接种黄瓜花叶病毒,调查抗病指数,即利用F3代的抗病性反应F2代的抗病性。在构建遗传图谱的基础上,结合该抗病鉴定数据进行QTL定位的研究。结果如下:⑴从495对SRAP引物组合中,利用亲本筛选出具有多态性的引物426对,选用其中35对引物组合在F2代群体中进行多态性分析,得到83个明显的多态性标记。在SSR分子标记中,利用亲本从280对引物中筛选出具有多态性的引物56对,将其中36对引物在F2代群体上进行DNA多态性分析。将SRAP标记和SSR标记结合,利用JoinMap3.0软件进行处理分析,取LOD值为3.0,构建了一张有13个连锁群的辣椒遗传图谱。共76个分子标记,其中SRAP标记55个,SSR标记21个,图谱覆盖长度为830.4cM,标记间平均图距为10.92cM,长度处于0～152.2cM范围内。⑵采用人工摩擦接种法进行抗病性鉴定。在侵染三生烟发病的基础上,采收带病烟叶接种F3代辣椒苗,接种黄瓜花叶病毒20天后进行调查。病情调查分6级,并计算病情指数。对F3代数据进行方差分析,得到其正态分布图。将F3代抗病鉴定数据取平均值来反应F2代的抗病性,发现F2代中没有免疫单株,病情指数在5.1～20之间的抗病(R)单株25个,病情指数在20.1～40.0之间耐病(MR)单株109株,病情指数大于40的感病(S)单株12个。⑶利用MapQTL4.0软件中的复合区间作图法对辣椒抗CMV进行QTL分析。应用Permutation Test功能,计算出的显著QTL阈值是LOD>3.0,在第一、四、七连锁群上分别检测到一个QTL位点。第一连锁群上的QTL位点的LOD值为3.78,在连锁群上支持的区域是136.1cM～146.1cM,与其距离最近的两个标记是C9C10-4、B11C16-2;在第四连锁群上找的QTL位点的LOD值是3.35,在连锁群上支持的区域是57.0 cM～62.0 cM,与其距离最近的标记是B13C10、HpmsE072;在第七连锁群上的QTL位点的LOD值为3.73,在连锁群上支持的区域是94.3 cM～109.3 cM,与其距离最近的标记是HpmsE124、hpms2-2,这三个QTL的解释表型差异的贡献率分别为12.7%、38.8%、和11.0%。本研究的结果为加密辣椒遗传图谱,分子标记辅助育种提供参考的标记和方法,为培育辣椒抗病毒病的优良品种打下基础。