从理论上看，公司治理结构理论作为现代企业理论的重要组成部分，它涵盖了企业制度、公司管理等研究领域，是跨越管理学、经济学、法学和社会学等多个学科的综合性研究课题；就实践而言，公司治理结构优化是随着社会经济的发展、经济体制的变化、企业改革的深入，逐渐产生并演化成为事关企业发展的重大战略问题。 目前，对公司治理结构的研究，大多基于分权与制衡，仅停留在公司治理结构的层面，缺乏对这一问题的系统性、可操作性的深入细致研究。特别是在中国，公司治理结构的理论研究与转轨经济的公司治理实践未能有效地结合在一起，既缺少具有权威性的实证分析结果，又未提出具有影响力的政策建议，使得理论只能用于“解释现象”，而不能很好地“解决问题”。 本论文以系统理论为基础对公司治理结构进行了研究，提出了公司治理结构系统的概念，分析提炼出了公司治理结构系统核，并通过对公司治理结构系统环境、系统能级原理和系统运行机制与模式的研究，从机制的角度分析了公司治理结构系统运行模式；运用博弈论对公司治理过程中的激励约束机制进行了分析；针对资本结构与公司治理结构的关系，运用模型验证了股权结构对公司治理效率的影响，给出了求解最佳股权集散度的方法和融资风险分担模型；探讨了利益相关者介入公司治理结构的问题等等。最后，根据研究出的公司治理结构系统理论，分析了中国国有企业治理结构系统及其影响因素，并提出了完善公司治理结构的对策思路。