近年来，在区域经济与管理的学术领域内，从区域创新和集群创新二者统一的视角对区域集群式自主创新能力进行探讨的研究还不多见，在这一范畴还缺乏相应统一的理论指导。要加快创新进程，优化创新资源，提升区域产业集群自主创新能力，就必须对这类问题做出回答。因此，本文立足相关科研课题，选取了区域集群式自主创新能力作为评价研究的对象，系统地阐述了区域集群式自主创新能力相关理论和评价方法，采用了理论与实证研究相结合的方法，系统地分析了区域集群式自主创新能力的影响因素，分别为：区域发展环境因素、主体因素、载体因素、创新要素等四个方面。并借鉴课题成果和其他专家学者的科研成果，从集群发展能力、集群创新投入能力、集群创新成果转化能力、集群环境支撑能力、集群创新产出能力等五个方面设置了一套科学合理的区域集群式自主创新能力评价指标体系，运用熵值法、雷达图法和BP神经网络等方法，并以安徽区域为案例进行实证研究，通过对安徽区域集群式自主创新能力总水平、内部结构以及分类等角度的评价结果进行分析，提出相关对策建议，力图为提高安徽区域集群式自主创新能力提供借鉴和参考。