基础研究项目作为技术进步和经济发展的先锋,能够有效提升国家的综合实力。基础研究项目的绩效是科学探索和技术进步的重要载体。但是,随着社会的发展,基础研究项目绩效评价体系在动态修正的过程中,逐渐演化为一个复杂性系统,导致原有的评估理论与方法已不能解决基础研究项目绩效评价领域的诸多问题。因此,研究适用的基础研究项目绩效评价方法,有效开展基础研究项目的绩效评价,对于提升我国基础研究的科研管理水平与科研能力,优化科技资源的配置具有重要的理论与现实意义。本文通过对基础研究项目绩效评价方法研究成果的梳理、评析,发现问题,探讨适用于基础研究项目的绩效评价方法,并构建研究方法的理论模型。本文通过文献查阅与案例分析,对以DEA为核心的基础研究项目的绩效评价方法进行比较分析,根据基础研究项目知识溢出和扩散的特点,提出DEA两阶段双约束模型应用于基础研究项目的绩效评价法。最后本文选择国家自然科学基金近十年的数据,评价我国基础研究项目的绩效,证实了本文构建模型的正确性。该模型根据双约束条件对DEA的生产前沿面进行了调整,与其他评价方法相比,DEA两阶段双约束模型能够分析基础研究项目不同阶段的运行效率,找出制约基础研究项目绩效提高的瓶颈,通过克服瓶颈,提高整个基础研究项目的绩效。另外,运用该模型对基础研究项目进行绩效评价,不仅能够在保证整个项目系统DEA有效的情况下,各个子系统也处于绩效最大化的状态,弥补传统绩效评价模型不能对系统结构进行反映的缺点,从而避免对基础研究项目的绩效进行高估的问题；而且能够考虑基础研究项目产出影响的长期性的特点,通过对基础研究项目两个阶段的绩效进行评价,满足不同层级单位的战略需求,有助于基础研究项目管理者制定更为合理、客观的资助政策。