栉江珧（Atrina pectinata）是一种重要的海洋经济贝类，由于生境破坏和过度捕捞导致其野生资源总量的急剧下降。本研究采用微卫星分子标记及线粒体DNA标记技术对我国沿海栉江珧群体进行了遗传多样性和遗传分化的研究，以期为我国栉江珧种质资源的可持续利用及保护提供科学依据。（1）采用FIASCO法，利用生物素标记的(GT)15、(CT)15混合寡核苷酸探针从栉江珧的基因组DNA的FastDigestTru1I酶切片段中筛选500-1000bp的微卫星序列。将洗脱的杂交片段克隆到pMD19-T载体上构建富集微卫星基因组文库，通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序。挑取512个克隆检测，取249个大于500bp的片段克隆测序，从中设计了45对引物。以27个栉江珧个体对微卫星引物进行多态性检测，共检测出16对中高多态引物，其等位基因数为2-11个，多态信息含量为0.224-0.871，观察杂合度为0.050-0.913，期望杂合度为0.049-0.869。多态性分析结果显示，仅有一个位点Ap3-19显示出低度多态性(PIC：0.224)，其余位点均表现出中高度多态性，因此，这16个位点能够较好的提供栉江珧的遗传信息，适合进行种群遗传学研究。（2）利用10对微卫星引物，对我国东南沿海栉江珧5个野生群体的遗传结构进行研究，分析了各群体内的遗传多样性和5个群体间的遗传分化。栉江珧5个群体平均每位点等位基因数（A）介于3.6000-4.8000之间，平均为3.7600；平均每位点有效等位基因数目（Ae）介于2.1635-2.9077，平均为2.4362；多态信息含量（PIC）介于0.3451-0.5844，平均为0.4299；观察杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别介于0.2318-0.3748、0.3452-0.5333，平均分别为0.2920、0.4190。群体间遗传距离（D）介于0.0361-0.5241之间，遗传分化系数（FST）为0.2112，基因流系数（Nm）为0.9338。运用UPGMA聚类分析显示，北海群体与湛江群体亲缘关系最近，聚为一支，然后与临高群体聚为一支，最后再与连云港群体聚为一支；东山群体单独一支。（3）扩增栉江珧mtDNA16S rRNA基因片段结果显示，5个群体29个个体共发现15个碱基插入/缺失位点，47处碱基转换和23处碱基颠换，这些突变位点共定义了8种单倍型。单倍型多样性（Hd）为0.722、平均核苷酸差异数（k）为23.764和核苷酸多样性指数（Pi）为0.05685。5个群体之间的遗传距离介于0.0012-0.1572之间。分子变异AMOVA分析显示栉江珧群体之间存在显著的遗传分化。Tajima′s D检验和Fu′s Fs检验均表明栉江珧群体未偏离中性。（4）扩增栉江珧mtDNA COI基因片段结果显示，5个群体26个个体，3个碱基插入/缺失位点，105处碱基转换和53处碱基颠换，这些变异位点共定义了12种单倍型。单倍型多样性（Hd）为0.714、平均核苷酸差异数（k）为55.012、核苷酸多样性指数（Pi）为0.0868。5个群体之间的遗传距离介于0.0007-0.7897之间。分子变异AMOVA分析显示栉江珧群体之间存在显著的遗传分化。Tajima′s D检验和Fu′s Fs检验均表明栉江珧群体未偏离中性。结合微卫星标记技术和线粒体DNA标记技术实验结果认为，栉江珧的遗传多样性处在中等水平，东山、连云港与其余群体之间产生显著的遗传分化，我国栉江珧资源受到一定的破坏，但还未对其遗传多样性造成严重影响，应及时采取有效的保护措施，以期为栉江珧人工养殖保留可靠的种质资源。