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小麦是世界重要的粮食作物。小麦的许多重要农艺性状(旗叶性状、穗部性状、籽粒性状)和品质性状是由多基因控制的数量性状。构建高密度遗传图谱,进行小麦性状的基因定位,有助于开发分子标记辅助选择的实用性标记,进行利于相关基因的挖掘和利用。本研究以H461xCN16的重组自交系(recombinant inbred line RIL)群体为作图群体,利用90k小麦SNP基因芯片技术,对包含188个家系的RIL群体(F7)进行多态性分析,构建高密度遗传图谱,并利用MapQTL5.0的多QTL模型(MQM),对29个重要农艺性状(分蘖数、旗叶长、穗粒数、籽粒性状表面积、周长等)及9个品质性状(蛋白质含量、籽粒硬度,淀粉含量等)共38个性状进行了QTL定位分析；通过H461xCN16的多次自交,在高世代后代中选育目标性状为分蘖数的近等基因系。取得的主要结果如下：1、构建了包括43个连锁群的分子遗传图谱,成功连锁到除2D、5D、6D外的18条染色体,该图谱共含有6573个多态性SNP标记,覆盖的遗传距离长2647.02cM,标记间平均距离小0.4cM。A组标记共2696个,占总标记数41%,总长1130.92cM,平均间距0.42 cM,共建立19个连锁群；B组包含最多标记,占总标记数47.1%,共3094个,总长1164.82 cM,平均间距0.38 cM,共建立18个连锁群；D组共684个,占总标记数10.4%，共684个,总长330.44 cM,平均间距0.48 cM,共建立5个连锁群；99个标记同时位于2A/2B/2D染色体,构建一个连锁群。2、利用遗传图谱,运用作图软件MapQTL5.0的MQM作图法,对2013年-2014年,温江、雅安2个环境下的表型进行QTL分析,共检测到124个加性效应QTL,分布在除1A、3A、5A、7A、3B、3D、5D、6D的13条染色体,单个QTL可解释表型变异率6%-19.5%,共41个主效QTL。12个QTL在雅安、温江点同时被检测到,其中四个主效QTL。3、农艺性状QTL。共检测到共77个与田间农艺性状相关的QTL,12个QTL在温江、雅安可同时被检测到,共检测到26个主效QTL。所有QTL位于2A、4A、6A、2B、 4B、5B.2D、4D、7D 9条染色体上,单个QTL可解释表型变异率7.4%-19.5%,62个QTL加性效应来自亲本H461,其余来自CN16。分蘖数、旗叶长、穗下节间长、穗颈节长、小穗数检测到新的QTL位点。共检测到13个籽粒性状QTL,分布于1B、7B、1D三条染色体,单个QTL可解释表型变异率6.2%-10.7%,5个QTL加性效应来自亲本H461,8个来自CN16。共检测到2个主效QTL。4、品质性状QTL。共检测到34个品质性状QTL。分布于3B、5B染色体,单个QTL可解释表型变异率7.9%-11.3%,26个QTL加性效应来自亲本H461,8个来自CN16。共检测到13个主效QTL。籽粒硬度、Zeleny沉降值、面团形成时间、面团最大拉伸阻力、面包体积检测到新的QTL位点。5、“一因多效"QTL区段。在7条染色体上(2A、2B、2D、4B、5B、7B、7D)共形成13个“一因多效"QTL区段。如,同时影响分蘖数、小穗数、小穗密度的区段：同时控制籽粒曲线长与籽粒投影面积的区段；可同时控制zeleny沉降值与面团形成时间的区段。6、近等基因系创制。成功获得两对以分蘖数为目标性状的近等基因系。研究利用SNP标记构建高密度遗传图谱,目前报道鲜见,可为小麦性状基因定位及相关性状的分子标记开发、辅助选择及功能基因挖掘等奠定了基础：新的QTL位点的发掘极大的丰富了分子标记在小麦遗传和育种中的应用；“一因多效性”位点可辅助于基因聚合育种；分蘖相关近等基因系,是寻找与目的基因紧密连锁分子标记的理想材料,可在很大程度上消除遗传背景的影响,利于研究分蘖相关基因的多效性。