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四川丰富的核桃种质资源和近年来成熟的育种技术,使四川审认定核桃良种数量有了较大的提升。但由于缺乏高效的核桃品种鉴定技术,不利于育种者知识产权的保护,可能会导致核桃苗木交易市场中“以次充好”现象发生,潜在制约核桃产业发展。因此,本研究通过SSR标记结合核桃坚果表型来构建四川核桃良种的鉴定体系,并通过聚类分析探讨四川核桃良种间的遗传关系。主要结果如下:(1)采用毛细管电泳荧光标记检测技术对43个核桃品种的11个SSR位点的PCR产物进行测序,得到84个等位基因,平均为7.6个,多态性较好。利用GenAlEx 6.5软件进行遗传多样性分析表明,11对SSR引物的多态性信息含量(PIC)范围为0.564~0.803,平均值为0.699,引物可供信息性较高(PIC>0.5),适用于四川核桃资源分子遗传研究;表观杂合度(Ho)为0.349~0.857(平均值为0.636);期望杂合度(He)为0.609~0.822(平均值为0.736),四川核桃良种遗传多样性较丰富。(2)32个普通核桃品种间遗传相似系数为0.580~0.988。UPGMA聚类分析表明,32个核桃品种根据品种类型(四川本地品种类型、杂交类型品种、北方引种和云南引种)优先聚类;四川本地类型品种聚类结果表现出与地理来源没有明显相关性。(3)11个泡核桃品种间遗传相似系数为0.525~0.932。UPGMA聚类分析结果表现了一定的地域相关性。即以雅砻江下游和大小相岭为界,选育地在界线以北、以西地区的品种聚为一类,为泡核桃天然分布区;界线以东、以南地区的品种聚为一类,是泡核桃天然分布区向普通核桃适生区过度的区域。石棉巨核的分类地位有争议,本研究倾向于将其归为普通核桃。(4)43个核桃品种坚果形状特征丰富,包含核桃属植物测试指南坚果形状中的20个特征。在通过和垂直于缝合线的纵切面形状两个分类组中,阔椭圆(椭圆)形所占的比例均最高,分别为74.4%和55.8%;坚果果肩形状和果底形状分别以微缺和圆形最为常见,分别占全部品种的37.2%和46.5%;62.7%品种的坚果果尖较为突出。(5)利用4个核心引物(wga001、wga004、wga070、zmz22)组合并结合核桃坚果的5个性状(沿缝合线纵切面形状、垂直于缝合线纵切面形状、果肩形状、果基形状、果尖突出程度)成功构建了43个核桃品种的鉴别图谱。综上所述,SSR标记技术与坚果表型相结合的方法能够较好地用于核桃品种的鉴定和遗传多样性分析,可为四川核桃良种的鉴定和选择提供参考。