本研究对采用二代测序的方法测定了五种鹤形目（Gruiformes）鸟类,包括红胸田鸡（Porzana fusca）、小田鸡（Porzana pusilla）、斑胁田鸡（Porzana paykullii）、普通秧鸡（Rallus aquaticus）和蓝胸秧鸡（Gallirallus striatus）,以及一种鸻形目（Charadriiformes）鸟类水雉（Hydrophasianus chirurgus）的线粒体全基因组序列,并分析比较了鹤形目和鸻形目鸟类线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）全基因组结构、系统发生及其分类起源过程,结果如下:1)通过对六种鸟类mtDNA进行序列测定、拼接及注释,结果表明六种鸟类mtDNA长度分别为:红胸田鸡16,935 bp、小田鸡16,978 bp、斑胁田鸡16,955bp、普通秧鸡17,149 bp、蓝胸秧鸡17,647 bp和水雉16,855 bp。线粒体全基因组都包含37个编码基因和一个控制区（control region,CR）。其中,22种tRNA基因长度都在63⁸0 bp之间。tRNA基因包括三个主要区域:IQM、WANCY和HSL。全部tRNA基因都只有tRNA^Ser（AGY）基因由于缺失“DHU”臂而无法形成典型的三叶草二级结构,其它21种tRNA基因都能形成。六种鸟类线粒体基因组的CR长度差别较大,但其主要结构和功能类似。根据CR的碱基组成和核苷酸变化频率的不同,可划分为三个主要区域。2)比较鹤形目和鸻形目共73种鸟类线粒体全基因组序列,大部分鸟类碱基组成为A>C>T>G。73种鸟类线粒体全基因组AT含量都大于GC含量。鹤形目和鸻形目PCGs大多以ATG、GTG、ATT、ATC和ATA作为起始密码子,以TAA、TAG、AGG、AGA和不完整的密码子T作为终止密码子。在鹤形目和鸻形目鸟类线粒体的PCGs中,密码子使用频率最高的都为CTA（Leu）,氨基酸使用频率最高的都是Leu,最低的都是Cys。3)本研究中,秧鸡亚目（Ralli）分支中主要以秧鸡科（Rallidae）为主,其中田鸡属（Porzana）和青水鸡属（Porphyrio）的亲缘关系较近。蓝胸秧鸡和奥岛秧鸡（Lewinia muelleri）属于姐妹群,而普通秧鸡单独为一支。水雉所在的水雉科（Jacanidae）与彩鹬科（Rostratulidae）亲缘关系更近。传统分类学认为董鸡（Gallicrex cinerea）归为董鸡属（Gallicrex）;蓝胸秧鸡属于纹秧鸡属（Gallirallus）;鸥嘴噪鸥（Gelochelidon nilotica）属于鸥科;麦哲伦鸻属于鸻科（Charadriidae）。而研究结果表明董鸡和白胸苦恶鸟（Amaurornis phoenicurus）为姐妹群,应该归为苦恶鸟属（Amaurornis）;蓝胸秧鸡和奥岛秧鸡亲缘关系更近,应归为卢氏秧鸡属（Lewinia）;鸥嘴噪鸥与小凤头燕鸥（Thalasseus bengalensis）和普通燕鸥（Sterna hirundo）为姐妹群,应归为燕鸥科（Sternidae）;麦哲伦鸻（Pluvianellus socialis）与鞘嘴鸥（Chionis minor）为姐妹群,应归为鞘嘴鸥科（Chionididae）。此外,鹤形目鸟类中的鹭鹤（Rhynochetos jubatus）和鸻形目鸟类中的织女银鸥（Larus vegae）都单独成为一支,其分类地位有待商榷。4)本研究通过已知鸟类的化石记录的校正和对比前人的研究结果,估算鹤形目和鸻形目物种的分歧时间,确保鹤形目和鸻形目物种的分歧时间的估算更为准确。通过BEAST对分歧时间进行分析,结果表明鹤形目基部分歧时间为56.57（62.26⁴6.05）Ma,其中鹤亚目（Grui）分歧时间在19.59（30.35¹2.12）Ma,秧鸡亚目分歧时间在40.18（46.63²2.70）Ma。本研究所测序的红胸田鸡、小田鸡和斑胁田鸡所在的田鸡属的分歧时间为11.17（14.80⁶.85）Ma,普通秧鸡所在的秧鸡属的分歧时间为19.60（26.23¹0.78）Ma,蓝胸秧鸡所在纹秧鸡属的分歧时间为15.78（20.16⁸.61）Ma。鸻形目基部分歧时间为56.34（62.75⁴4.78）Ma,鸻亚目（Charadrii）分歧时约为44.52（52.66²3.55）Ma,鸥亚目（Lari）分歧时间约为40.09（46.35²2.14）Ma,鹬亚目（Scolopaci）分歧时间约为37.99（44.34²7.75）Ma,而水雉所在的水雉科的分歧时间为12.56（18.59⁴.28）Ma。