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真核生物中tRNA修饰的基因结构的保守性暗示其具有相似的功能和调节作用。在斑马鱼及小鼠等模式生物的研究中表明tRNA修饰状态与蛋白合成速率有关，并影响动物的生长发育过程。但这些基因在大型家畜中的研究尚未报道，本研究以四种中国黄牛（秦川牛、鲁西牛、南阳牛和郏县红牛）为试验材料，采用生信分析、测序技术、qPCR、Western Blot、双荧光素酶报告等试验方法，对不同品种黄牛群体tRNA修饰基因的遗传变异进行比较系统的检测。统计了群体中TYW5、TRIT1及TRDMT1遗传变异的基因型分布情况；针对TRDMT1外显子及启动子区域进行扫描，分析遗传变异位点连锁结构；对连锁结构产生的mRNA及蛋白进行分析，探索不同单倍型的表达规律，对启动子变异进行转录活性分析；分析了不同品种黄牛群体中tRNA修饰基因遗传变异及其与黄牛生长性状（体高、体斜长、胸围、胸深、胸宽、腹围、腰角宽、坐骨端宽、臀长、腰高、十字部高和体重）的相关性，拟为黄牛tRNA修饰基因功能研究提供理论基础，为黄牛分子育种提供可靠材料。 研究结果表明： 1.根据Ensembl数据库公布遗传变异数据，利用混池测序法鉴别大于10bp InDel位点发现：tRNA反密码子环修饰基因中，发现TRDMT1一个InDel（rs383375500）位点，TYW5一个InDel（rs521024959）位点，TRIT1基因间隔处两个InDel位点。对不同品种黄牛TYW5基因InDel位点与生长性状关联发现：ID、DD基因型郏县红牛母牛十字部高显著高于II基因型（P<0.05），ID基因型秦川牛母牛胸深显著高于II基因型（P<0.05）。对不同品种黄牛TRIT1基因InDel位点与生长性状关联发现：位于基因上游的InDel-4位点，无显著差异；位于3-UTR区域的InDel-5位点ID基因型秦川牛母牛体斜长、体高、十字部高极显著高于DD基因型（P<0.01），ID基因型秦川牛母牛腰角宽显著高于II基因型（P<0.05），ID基因型郏县红牛母牛腰角宽显著高于DD基因型（P<0.05）。 2.对不同品种黄牛TRDMT1基因InDel位点基因型和等位基因分布差异进行比较，秦川牛与其余三种黄牛等位基因分布频率差异显著（P<0.05），DD基因型秦川牛母牛胸宽显著高于II基因型（P<0.05），II基因型秦川牛母牛腰高显著高于DD基因型（P<0.05），DD基因型郏县红牛母牛体斜长显著高于II基因型（P<0.05）。 3.对TRDMT1基因11个外显子进行混池测序扫描，首次发现不同品种黄牛中第四外显子出现一个同义突变位点2（G>A,Q88>Q）和一个错义突变位点3（T>C,H101>Y）；第六外显子一个错义突变位点9（A>G,T101>A）；同时发现第三内含子6个突变位点11（EX3+12,T>C），位点12（EX3+13,A>G），位点13（EX3+62,A>G），位点4（EX3+1881,G>A），位点5（EX3+1904,C>A），位点6（EX3+2131,C>T）；第四内含子两个突变位点1（EX4+23,C>T），位点14（EX4+593,A>G）；第五内含子两个突变位点7（EX5+559,T>C），位点8（EX5+699,C>T）；第七、九、十内含子分别一个突变位点15（EX7+15,C>T），位点16（EX9+71,A>T），位点17（EX10+18,G>A）。利用PCR及测序技术对570头黄牛个体进行基因型分型统计，并且针对位点1到位点9共9个遗传变异位点与黄牛体尺测量数据进行相关性分析，结果表明：位点1的TT基因型秦川牛母牛的体高显著高于CC基因型（P<0.05），位点2的GG基因型鲁西牛母牛的体高显著高于GA基因型（P<0.05），位点3的CC基因型秦川牛母牛的体高显著高于TT基因型（P<0.05），位点4的AA基因型秦川牛母牛的体高显著高于GG基因型（P<0.05），位点7的TT基因型南阳牛母牛的体高显著高于CC基因型（P<0.05），CC基因型南阳牛母牛的体重显著高于TC基因型（P<0.05），位点8的TT基因型南阳牛母牛的胸围和体重显著高于CT基因型（P<0.05）。SHEsis软件连锁分析表明TRDMT1基因中9个突变以及一个InDel进行连锁分析，发现这10个位点存在强连锁不平衡。依照TRDMT1外显子三种突变的组合形式对秦川牛肌肉组织进行mRNA和蛋白的相对定量发现，三种基因组突变的组合形式之间基因表达差异显著（P<0.05）。 4.在牛TRDMT1基因起始密码子上游1223bp发现一个G>C突变，利用AliBaba2.1和Genomatix软件共同预测，该位点可能造成基础转录因子sp1和PLAG1,ZNF35,MZF1等转录因子结合差异。双荧光素酶实验验证结果表明，G>C突变造成基因表达差异（P<0.05）。 综上所述，对tRNA反密码子环修饰基因遗传变异检测表明TYW5、TRIT1和TRDMT1存在中、低丰度的多态性，可以在肉牛分子育种中作为秦川牛、鲁西牛、南阳牛体高，秦川牛腰高、胸深，郏县红牛体斜长、坐骨端宽、十字部高等生长性状的潜在候选DNA标记。TRDMT1基因遗传变异的检测发现，启动子起始密码子上游1223bp G>C变异会提高其转录活性，位点1至位点9之间存在强连锁不平衡结构，不同的单倍型存在特殊的表达规律，为黄牛tRNA修饰功能研究提供理论依据，为黄牛分子育种提供可靠的分子素材。