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在动物分类学上,鸭科（Anatidae）包括河鸭属（Anas Linnaeus）和栖鸭属等44个属,巢湖鸭（Anas platyhynchos domestica）属河鸭属（Anas Linnaeus）,而番鸭（Cairna noschata）属栖鸭属（Cairina）,因此家鸭和番鸭同科不同属。本研究以巢湖鸭和白羽Y系番鸭为研究对象,探讨两个不同种肉鸭生长性能、屠宰性能、肉品质、脂质代谢和肠道菌群结构的差异及饲养方式的影响。选取22日龄的健康巢湖鸭和白羽Y系番鸭各360羽,公母各半,每个品种的两性别均随机分为地面平养和网上平养2个处理组,每组3个重复,每个重复30羽,分别于63日龄和84日龄空腹称重以测定生产性能;在巢湖鸭和白羽番鸭84日龄时测定其屠宰性能、肉品质、血清生化指标、肠道菌群结构及肝脏和胸肌组织脂质代谢相关基因的相对表达量。试验结果表明:（1）番鸭平均日采食量和平均日增重均显著高于巢湖鸭,巢湖鸭料重比显著高于番鸭（P<0.05）;公鸭日增重显著高于母鸭,而公鸭料重比显著低于母鸭（P<0.05）;品种和性别对平均日增重和料重比的影响具有显著的交互效应（P<0.05）。网上平养组巢湖鸭平均日采食量（22-84日龄）和平均日增重（22-63和22-84日龄）显著高于地面平养组巢湖鸭,网上平养组巢湖鸭料重比（22-84日龄）显著低于地面平养组（P<0.05）;公巢湖鸭平均日增重和平均日采食量（22-84日龄）显著高于母巢湖鸭,面料重比显著低于母巢湖鸭;性别与饲养方式对巢湖鸭生长性能指标无显著交互效应（P>0.05）。网上平养组番鸭（22-63和22-84日龄）平均日增重和平均日采食量显著高于地面平养组番鸭（P<0.05）,而饲养方式对番鸭料重比无显著影响（P>0.05）;公番鸭的平均日增重和平均日采食量显著高于母番鸭,面料重比显著低于母番鸭（P<0.05）;饲养方式和性别对番鸭（22-84日龄）平均日采食量和料重比的影响有显著的交互效应（P<0.05）。（2）番鸭胸肌率和腹脂率显著高于巢湖鸭（P<0.05）;公鸭腹脂率显著低于母鸭（P<0.05）。与地面平养相比,网上平养能显著提高巢湖鸭的腹脂率,显著降低番鸭胸肌率及巢湖鸭全净膛率、胸肌率、腿肌率;公巢湖鸭腹脂率显著低于母巢湖鸭（P<0.05）;公番鸭全净膛率和腿肌率显著高于母番鸭,而腹脂率显著低于母番鸭（P<0.05）。饲养方式和性别对番鸭胸肌率的影响有显著的交互效应（P<0.05）。（3）番鸭胸肌剪切力、L*、a*、滴水损失和蒸煮损失显著高于巢湖鸭,而b*、pH和肌内脂肪显著低于巢湖鸭（P<0.05）;公鸭L*显著高于母鸭,而肌内脂肪含量显著低于母鸭（P<0.05）;性别和品种对肌内脂肪的影响具有显著的交互效应（P<0.05）。与地面平养相比,网上平养显著降低巢湖鸭肌肉a*和番鸭胸肌剪切力,而显著提高巢湖鸭肌肉L*和肌内脂肪以及番鸭肌肉b*、L*和滴水损失;母巢湖鸭肌肉剪切力显著低于公巢湖鸭;公番鸭滴水损失和L*显著高于母鸭,而肌内脂肪含量显著低于母番鸭（P<0.05）;。（4）番鸭血清GLU和TG含量显著高于巢湖鸭,而血清ALB、TC和LDL-C含量显著低于巢湖鸭。与地面平养相比,网上平养显著降低巢湖鸭血清HDL-C含量和番鸭血清HDL-C及ALB的含量,显著提高巢湖鸭血清TP和TG含量和番鸭血清LDL-C、TC和GLU的含量（P<0.05）;饲养方式和性别对番鸭血清GLU的影响有显著的交互效应（P<0.05）。番鸭肝脏FAS基因和LPL基因的相对表达量显著高于巢湖鸭（P<0.05）;母鸭肝脏FAS和肝脏LPL基因表达量显著高于公鸭（P<0.05）;品种和性别对鸭肝脏ATGL和FAS基因的表达量的影响具有显著的交互效应（P<0.05）。网上平养组巢湖鸭肝脏和胸肌中ATGL基因表达量显著低于地面平养组巢湖鸭,而胸肌和肝脏中FAS和LPL基因表达量显著高于地面平养组巢湖鸭（P<0.05）;公巢湖鸭肝脏ATGL基因表达量显著高于母巢湖鸭,而肝脏和胸肌中LPL基因表达量显著低于母巢湖鸭（P<0.05）。网上平养组番鸭肝脏和胸肌中ATGL基因表达量显著低于地面平养组番鸭,而胸肌和肝脏中FAS和LPL基因表达量显著高于地面平养组番鸭（P<0.05）;公番鸭肝脏和胸肌中LPL基因及胸肌中FAS基因表达量显著低于母番鸭（P<0.05）;饲养方式和性别对番鸭肝脏LPL基因表达的影响具有显著的交互效应（P<0.05）。（5）巢湖鸭肠道菌群多样性比番鸭高（P<0.05）;网上平养能提高番鸭肠道菌群多样性。公巢湖鸭肠道菌群多样性比母巢湖鸭高（P<0.05）;地面平养组公番鸭肠道菌群多样性比母番鸭高,但网上平养组母番鸭肠道菌群多样性比公番鸭高（P<0.05）。巢湖鸭和番鸭肠道菌群均以厚壁菌门为主,其次是拟杆菌门。巢湖鸭和番鸭肠道微生物区系主要由门级（Firmicutes）组成,其次是（Bacteroides）。与番鸭相比,巢湖鸭肠道菌群在属水平上分配较均匀。Faecalibacterium、Prevotella、Bifidobacterium和Lactobacillus在巢湖鸭样品中所占比例高于番鸭组,而Bacteroides、Oscillospira和Ruminococcus在番鸭样品中的比例高于湖鸭组。饲养方式和性别是影响巢湖鸭和番鸭肠道菌群结构的两个因素。主要结论:（1）番鸭生长性能高于巢湖鸭,公鸭生长性能优于母鸭。网上平养对巢湖鸭和番鸭的生长性能均有改善效应,但性别和饲养方式对生长性能的影响具有交互效应。（2）番鸭胸肌率和腹脂肪率显著高于巢湖鸭;网上平养对番鸭和巢湖鸭屠宰性能均有负面影响;性别对屠宰性能有显著影响,但对番鸭的影响大于巢湖鸭。（3）除a*外,巢湖鸭肉质性状指标均优于番鸭;网上平养对番鸭及巢湖鸭肉品质均有不利影响;性别对番鸭肉品质的影响程度高于对巢湖鸭的影响。（4）番鸭脂肪合成能力显著高于巢湖鸭;网上平养显著提高巢湖鸭及番鸭脂肪合成能力;母鸭脂肪合成能力显著高于公鸭。（5）巢湖鸭肠道菌群结构优于番鸭;网上平养具有改善肉鸭肠道菌群结构的作用。