MicroRNAs(miRNAs)是广泛存在于真核生物细胞的一类内源性小分子单链非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA)，大小为21 nt左右。研究表明，这些miRNA作为一种真核生物体内的重要的调节因子，在生物体内发挥着重要的调节作用，并影响着生物体生命活动的各个方面。虽然目前通过实验和计算机的方法在植物和动物中发现了众多miRNA分子，但是在各个物种中所鉴定的miRNA的数量远不及理论上的饱和值，所以对miRNA的分离鉴定依然是miRNA研究的一个热点。马铃薯(S．tuberosum L．)属茄属多年生草本植物，它作为世界上广为栽培且种植面积位居第四的重要粮食作物，在农业生产和人民生活中均占有极其重要的地位，然而马铃薯极易受植物病毒的危害而造成种质退化和减产。近期的研究表明miRNA与植物每个阶段的生长发育息息相关，且参与植物的防御和应答外界环境压力胁迫，所以对马铃薯miRNA的研究有着非常重要的现实和理论意义。而对马铃薯miRNA研究的第一步就是找出马铃薯中尽可能多的miRNA，以及它们作用的靶标。本研究利用计算机RNA组学方法在马铃薯EST数据库、GSS数据库和nr数据库中搜寻保守的马铃薯miRNA分子，然后采用RT-PCR手段对预测结果进行验证，并观察它们在不同组织中的表达情况。利用在线分析软件分析马铃薯miRNA的靶序列，并对靶序列的功能进行预测分析，结果小结如下：1．在数据库中共搜寻出48条保守的马铃薯miRNA候选分子，其中30条miRNA来源于EST数据库，11条miRNA来自于GSS数据库，7条miRNA鉴定于nr数据库。这些miRNA候选分子与已知拟南芥或水稻的miRNA有着高度同源性。2．在研究马铃薯miRNA分子中，发现一些仅存在于双子叶植物中的miRNA分子，如miR403、miR869和miR870。通过比对分析发现，仅成熟的植物miRNA分子表现较为保守，而其前体变化较大。3．使用在线预测植物miRNA的软件——microHARVESTER，在44种不同植物物种中预测出136条保守的miRNA候选分子。通过计算分析发现，大部分候选分子的MFEI值大于0.7，可信度较高。4．通过分析这48条马铃薯miRNA，最终筛选出186个潜在靶分子，其中～20％的靶分子为一些在生长发育过程中起重要调控作用的转录因子；～30％的靶分子参与调控马铃薯体内的代谢过程、信号转导、对外界环境胁迫的应答以及调控自身合成；～24％的靶分子我们未预测出其功能。5．针对不同的植物RNA提取具有不同要求的情况，以富含淀粉、多糖物质的马铃薯根为材料，在现有植物RNA提取方法的基础上进行改良。RNA电泳分析，纯度鉴定及RT-PCR结果显示，该方法提取的RNA质量好，纯度高，能应用于后续实验。6．通过对12条miRNA候选分子进行RT-PCR分析，发现miRNA在不同组织中存在着特异性表达情况，如miR157a、miR390、miR414a和miR395，分析结果表明这些miRNA分子在马铃薯生长发育过程中的存在着不同水平的表达。