全基因组选择信号检测可用于快速筛选群体优良性状的候选位点,为开展分子标记辅助育种提供指导。东佛里生羊是世界著名的奶绵羊品种,繁殖力高、泌乳性能好。近年来西北农林科技大学金昌肉羊试验示范基地等单位利用东佛里生羊开展了乳肉兼用奶绵羊新品种培育工作,挖掘东佛里生羊泌乳和繁殖性状的分子标记,可为我国奶绵羊新品种培育和种质创新提供重要技术支撑。本研究对30只东佛里生种公羊进行了全基因组重测序,结合已发表的153只绵羊（萨福克羊、中国美利奴羊和哥特兰绵羊各10只,湖羊29只,德国美利奴羊22只,阿勒泰羊42只和藏羊30只）的全基因组数据,探究了东佛里生羊群体的遗传多样性,并对东佛里生羊基因组选择信号进行了检测,筛选了东佛里生羊泌乳性状相关的分子标记。研究结果如下:（1）通过群体遗传组分分析,发现东佛里生羊群体内部存在遗传分化。通过对东佛里生羊、萨福克羊、中国美利奴羊、哥特兰绵羊和湖羊群体的核苷酸多样性估计,发现东佛里生羊核苷酸多样性最低,湖羊的核苷酸多样性最高,说明东佛里生羊经历了较强的选育过程。（2）通过全基因组选择信号分析,在东佛里生羊中鉴定到一个长达4 Mb的单倍型,该区域位于已知的绵羊乳蛋白率性状QTL,表明该区域可能与东佛里生羊泌乳性能有关。另外,基于选择信号找到了泌乳性状相关的基因COL3A1和COL5A2,并在COL3A1基因鉴定1个错义突变。（3）在东佛里生羊共筛选到与泌乳相关的62个SNP位点,提供了一套可用于东佛里生羊和湖羊杂交后代泌乳性能选择的分子标记,可用于辅助开展选种选配工作。（4）绵羊的三个高繁殖力的主效基因GDF9、BMP15和BMPR1B在东佛里生羊群体中未发现编码区突变,也未检测到选择信号,说明绵羊的繁殖力是一个复杂性状,对于东佛里生羊高繁性状的遗传机制仍有待研究。综上,本研究基于183只绵羊的全基因组重测序数据,鉴定到东佛里生羊泌乳性状相关的基因及单倍型,提供了一套与泌乳性能相关的分子标记,为后续单核苷酸多态性（SNP）标记构建泌乳的QTL定位,发现其与产奶量、流产率等之间的关联奠定理论基础,探索奶绵羊育种新方法,为金昌基地奶绵羊的选种选配工作提供技术支持。