目的:研究早期胃癌组织和癌旁正常组织芯片中Lnc RNA/m RNA表达谱变化,通过生物信息技术筛选出与早期胃癌发生发展相关的Lnc RNA和m RNA并探索其潜在的功能,对筛选的关键Lnc RNA进行实时荧光定量PCR验证。方法:收集7例在兰州大学第一医院和甘肃省武威肿瘤医院早期胃癌患者的癌组织和邻近非癌正常组织,并提取RNA,通过芯片对RNA进行分析检测Lnc RNA和m RNA,使用R语言软件筛选差异表达Lnc RNA和m RNA、使用MSigdb数据库做GSEA分析、调用R语言软件相关包做差异表达基因的GO和KEGG分析、使用TANRIC数据库进行差异Lnc RNA的生存分析、对生存期影响明显的Lnc RNA使用R语言软件构建Lnc RNA-m RNA共表达网络、使用STRING数据库对共表达的m RNA构建蛋白质相互作用网络并进行信号通路分析,实时荧光定量PCR验证Lnc RNA在胃癌细胞株中的表达情况。结果:通过基因芯片显示共获得33,139个Lnc RNA转录本和24,223m RNA转录本,GSEA的GO分析提示主要富集在细胞膜、细胞周边、微管组织中心、核糖体等。GSEA的KEGG分析提示基因集主要在MAPK通路、PI3K-Akt通路、神经退行性变等通路上富集。早期胃癌组织与邻近非癌正常组织相比表达上调的Lnc RNA338个,下调470个,m RNA中上调491个,下调415个。GO生物进程功能分析提示差异表达的上调基因主要富集在细胞有丝分裂、细胞周期进展、染色体结构等,下调基因主要富集在细胞骨架蛋白结合、肌动蛋白结合、肌肉的结构等。KEGG通路分析提示差异表达上调基因主要在DNA复制、细胞周期和孕酮介导的卵母细胞成熟等通路上富集,下调基因主要富集在胃酸分泌、c AMP信号通路、造血等通路。TANRIC数据库生存分析提示差异表达筛选的Lnc RNA中AAC19181.2、AL589743.1、CTD-23148B22.3、PVT1、RP11-86H7.6、RP11-874J12.4的表达异常与患者生存期有明显相关性。以6个生存期明显的Lnc RNA与差异表达的m RNA构建共表达网络,结果显示6个Lnc RNA与237个m RNA具有高度共表达的关系,其中AC019181.2、RP11-86H7.6、PVT1、AL589743.1、CTD-2314B22.3在共表达网络的关键核心位置。STRING数据库对共表达的m RNA构建蛋白质相互作用网络,KEGG通路分析提示主要在碱基错配修复、P53通路、细胞周期、DNA复制、黄体酮介导的卵母细胞的成熟等通路上富集。实时荧光定量PCR验证结果提示相比正常胃上皮细胞Lnc RNA PVT1在胃癌细胞株（HGC-27、BGC-823）里面高表达与我们分析的数据结果一致。结论:我们的研究分析了早期胃癌发生过程中差异变化Lnc RNA-m RNA表达谱,通过生物信息学筛选了6个有前景的分子Lnc RNA（AC19181.2、PVT1、RP11-86H7.6、RP11-874J12.4、AL589743.1、CTD-23148B22.3）这些分子与胃癌患者的预后存在重要联系且与237个差异表达的m RNA存在共表达关系,这些分子可能在胃癌的发生发展中发挥着重要作用。