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赤潮藻的鉴定和检测是进行赤潮研究和预警的前提和基础，因此其方法学成为当前国内外研究的热点。然而，基于形态学特征的传统赤潮藻的鉴定方法(光镜法)效率低、准确度不高，特别是不能对自然水样中的多赤潮藻进行并行检测。因此，本文拟建立一种可同时检测多种赤潮藻的分子技术—PCR–膜反向斑点杂交。研究选取了6中常见的赤潮藻，包括东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)、共生甲藻(Symbiodinium sp.)、赤潮异湾藻(Heterosigma akashiwo)、热带条藻(Skeletonema tropicum)、柔弱角毛藻(Chaetoceros debilis)和新月菱形藻(Nitzschiaclosterium)为研究对象，首先通过提取基因组DNA，对其核糖体大亚基rDNA序列的D1–D2区(LSU D1–D2)进行PCR扩增；然后将PCR产物纯化回收，再将纯化后的PCR产物与载体连接，将连接产物转入到大肠杆菌中进行克隆，通过蓝白斑筛选，获得阳性克隆菌株并进行商业测序。根据测序结果，采用Array Designer4.20设计获得了各自的特异性分类探针，并通过Oligo软件对探针进行评价，初步筛选出针对各种赤潮藻的备选探针3条；采用Primer Premier5.0设计出通用扩增引物；用反向斑点杂交对探针进行初筛，得到各赤潮藻的探针1条；将探针进行地高辛(Digoxigenin, DIG)标记，选用6种常见赤潮藻及其它常见微藻，通过正向斑点杂交对探针的特异性进行验证。对探针进行加尾，并用其制备低密度膜芯片，采用DIG标记法对PCR产物进行标记，初步建立了基于LSU rDNA的PCR–膜反向斑点杂交体系，并进一步对膜制备和杂交体系，包括探针用量、DIG标记PCR产物的用量、紫外交联时间、杂交温度、杂交时间和洗涤时间等进行优化。结果表明：设计的探针具有特异性；最终的优化条件为：探针上样量>5pmol，DIG标记PCR产物>25ng，紫外交联30s，42oC杂交2h，47oC洗膜2×5min。为了验证PCR–膜反向斑点杂交检测法的实用性，分别用不同浓度及不同固定时间的模拟自然水样及自然水样作为样品，分别进行PCR–膜反向斑点杂交测试。结果表明：PCR–膜反向斑点杂交的检测极限为0.1cell/ml；含有6种目标藻混合藻液用鲁哥氏液固定1、3、5、10、15和30d后均能检测到6种微藻；该方法能成功检测到自然样品的目标藻种，其结果与光镜镜检结果一致。最后，本研究还对10种赤潮藻的ITS序列进行了克隆，并根据获得的序列设计了种特异性探针，并通过正向斑点杂交验证了其特异性，并设计了基于ITS序列并行检测多种有毒赤潮藻的低密度膜芯片，为进一步建立赤潮的基于ITS序列的PCR–膜反向斑点杂交检测技术打下了基础。