LDR结合Taqman探针检测KRAS基因的研究

来源 :西北大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:LHL1111111111
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
西妥昔单抗和帕尼单抗是治疗结直肠癌的有效制剂,但是由于个体基因差异,并非每一个结直肠癌患者都适合使用这两种药物。KRAS基因是编码EGFR下游信号通路的一个基因,对于使用西妥昔单抗或帕尼单抗的患者来说,携带野生型KRAS的患者有较好的应答率,但是携带突变型KRAS的患者的应答率非常小,达不到治疗效果。KRAS的突变主要都是点突变,并且突变点主要集中在2号外显子的第12和13位密码子上,共有7个热点突变,占到KRAS基因上所有突变的90%以上。因此,对这7个热点突变进行快速灵敏的检测对结直肠癌患者有着重大的意义,这不仅可以为患者节省庞大的不必要的开支,也有利于我国对癌症患者实施有效的的个体化用药方案。现在,一种便捷快速且灵敏度高的检测KRAS的方法亟需建立。LDR (Ligase Detect Reaction)是一种比较传统的检测方法,主要原理是利用等位基因特异性引物来进行基因分型,然后通过琼脂糖凝胶电泳对结果进行分析。其缺点是电泳结果不易辨认,有些杂合子条带不明显,且实验耗费时间长,步骤繁琐。Taqman也是现在一种比较常用的检测基因表达的方法,主要是利用Taqman探针上的荧光报告基团和淬灭基团来实时的表现出PCR反应情况。在此基础上我们采用Taqman探针进行PCR来增强LDR结果的准确度,缩短实验时间,可以更直观的观察样品的基因型。并且此方法快速简单,灵敏度可达5%以上,在普通的实验室环境下就可以操作。我们首先制备了KRAS基因的阳性克隆质粒,既可以作为实验阳性质控,也可以进行后续的灵敏度实验。由于我们首先要建立起LDR结合Taqman探针的实验方法,KRAS基因上的7个热点突变难以同时进行实验,因此我们只选用了其13-2位点作为研究对象。针对KRAS13-2位点,我们共设计了2种Taqman探针,分别为特异探针和公用探针,特异性探针分别针对这个位点的野生型和突变型,只能检测13-2这个位点;公用探针设计在这7个突变点的上游,可以检测所有7个突变位点。这2种探针都能够有效检测Kras的基因型。通过实验条件的优化和灵敏度的比较,特异探针和公用探针的灵敏度均可达到5%,这和之前LDR实验的灵敏度差不多,但是结果更为直观可靠。我们也在LDR的基础上改进了原先P1的结构,提高了LDR的连接效率,改善了Taqman探针的检测结果。但是这部分实验需要继续优化条件,以获得更好的实验进展。
其他文献
本文通过清水混凝土在深圳大运会主体育场的成功应用,主要介绍配制和生产清水混凝土的一些控制措施,包括严格选择原材料,精心设计配合比及严格的生产过程控制,并分析和探讨影响混
造成英语学习困难及错误的主要因素是母语的负迁移,无论在语音、词法、句法方面,还是在用语方面,两种语言的不同点越多,学习英语的难度则越大,因此,要特别注意克服母语在英语
本文设计的保护器采用电压检测器和场效应管控制充电电池的充放电回路,有防止电池过充电或过放电之功能.
该文介绍“锅炉仿真培训系统”中采暖燃油热水锅炉水循环动态数学模型及仿真策略 ,提出了补水泵、循环泵和压力节点的基本方程 ,给出了模型参数估算方法和模型求解策略 ,举例
目的分析小儿热性惊厥的临床易感因素,以便于为相关的防治措施提供科学有效的依据。方法本研究所有研究对象均为小儿热性惊厥患者,本研究患者的入院时间为2016年1月到2017年1
转换结构在现代的高层建筑中必不可少,而斜柱正是所有转换结构中使用最多的一种。本文主要从斜柱构件的内力等方面对斜柱进行了深入的探讨,以此来深入了解在超长型混凝土转换中