超分子水凝胶是当前水凝胶领域的研究热点，而DNA水凝胶作为一种出色的超分子水凝胶，在生物、医学领域具有广阔的应用前景。计算模拟对于深入探究DNA水凝胶的介观结构、形成机理以及结构-性能关系等具有重要作用，但目前这方面的研究比较缺乏。针对近期报道的一种性能良好的模块化纯DNA水凝胶，我们首先对其组成模块（Y形DNA）进行了全原子分子动力学模拟，初步获得了其微观结构和力学性质的一些主要特征。在此基础上，我们忽略模块在原子层面的细节特征，对整个DNA水凝胶体系（由Y形DNA以及带粘性末端的线形DNA连接子组装而成）提出了一个粗粒化模型，并采用该模型模拟了体系的自组装及结构。模拟结果表明，该水凝胶体系呈现出低温凝胶态和高温液态两种状态，其中凝胶态的介观结构为多孔海绵状，其交联度与水凝胶模块的浓度正相关。模拟还发现胶态-液态转变为连续转变，并且定出了转变发生的温度范围。我们的模拟结果与相关实验的结果定性或半定量相符，证明该模型对于模块化DNA水凝胶的模拟是合理有效的，并且这种建模方法有望推广到更复杂的水凝胶体系。