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来源于氧化葡萄糖酸杆菌Gluconobacter oxydans的一种新型醛酮还原酶Gox0644具有广泛的底物特异性,对2,3-二酮、α-酮醛、α-酮酯、2,5-二酮-D-葡萄糖酸及脂肪醛和芳香醛表现较高的还原活性,特别是选择性还原α-酮羰基化合物所生成的手性的S-羟基酮是多种药物合成的关键前体,而还原2,5-二酮-D-葡萄糖酸所生成的2-酮-L-古龙酸则是维生素C合成的中间体。根据醛酮还原酶家族的系统分类学法则,Gox0644命名为AKR5C3。
为了深入了解AKR5C3的底物识别和催化机理,从而实现酶的理性改造以促进其在手性合成工业中的应用,本论文首次报道了AKR5C3的晶体结构,并对其活性中心等结构域及其底物的选择性展开研究。
本论文得到了AKR5C3、二元复合物AKR5C3-NADPH及三元复合物AKR5C3-NADPH-Substrate的晶体结构,对比醛酮还原酶家族中已鉴定的蛋白质晶体结构,AKR5C3具有醛酮还原酶典型的(α/β)8桶状结构,但不存在醛酮还原酶家族典型的Loop结构,Loop结构一般与底物的识别和结合密切相关。结合点突变和活性检测实验,确定了保守的四联体Asp53、Tyr58、Lys79和His112组成酶的催化中心,负责底物的催化。Asp53和Lys234与辅酶NADPH的结合密切相关。Trp191和Arg192为酶与底物结合部位的关键氨基酸。
本论文通过点突变的设计、蛋白质晶体结构和酶学动力学参数的分析,重点探讨了53位Asp在催化反应中的作用机制,D53A突变形式促进了酶与辅酶的结合,导致结合的NADPH的位置偏移,从而对底物结合口袋产生影响;而且对辅酶亲和力的显著增强也促进了催化反应的效率。本研究还发现,位于底物结合部位的192位的Arg,与底物的识别相关,将其突变为Gly,可促进酶与底物的结合,特别是对疏水性强的醛类物质的识别。在研究关键氨基酸位点与酶功能的关系的同时,本论文所发现的这两种正向突变形式(D53A和R192G)对酶的活性改造提供了重要的理论依据。