多元利益主体对高校发展提出不同的价值主张和利益诉求,高校面临价值冲突问题。在高等教育发展进入大众化阶段之后,高校分类发展成为提高我国高等教育质量的必由路径。要实现有效的分类发展,必须解决多元教育主体的价值冲突问题。如何协调多元主体的利益,如何使分类框架和分类政策体现不同主体的价值主张,为我国高校分类发展带来了新的挑战,同时也带来了新的机遇。从高等教育的职能分化、社会需求、教育发达国家的相关经验几个方面来看,高校分类发展具有必然规律性。但是在实践层面,我国还未出现有效的分类指导机制。目前最具影响力的分类标准就是高校隶属部门的行政级别。但是这是一种单一维度、基于价值一元的分类,仍然不利于高校的职能分化。利用新制度主义社会学理论分析可得,我国高校存在强制性趋同、规范性趋同和模仿性趋同三种组织趋同现象,这与我国政府的制度安排存在密切关系,政府决定了高校的合法性。因此,构建政府对高校分类指导的新机制是必要的。政府与高校之间,高校系统内部都存在价值冲突,但价值冲突是可以缓解或解决的,价值观相冲突的各方可以采用一定的手段达成价值共识。协商就是解决价值冲突,达至价值共识的有效路径。治理理论强调权利去中心化,多元主体共享权利并平等合作,以此理论为指导,我国应形成多元主体对高校的良好外部治理,构建政府与高校良好的合作关系,打破二者管理与被管理、命令与执行的关系。价值协商理论则主张存有分歧的各方平等交流对话,展开论辩,深入了解他人的建议与主张,在对话过程中加深对价值客体的认识,逐步达成共识,然后拟定接下来的共同行动规划。协商参与方可以将各方权利与责任以契约的文本形式明确下来,相互制约,相互监督。美国加利福尼亚州在制定《高等教育总体规划》,欧盟在完成“欧洲高等教育机构分类项目”的过程中都成功应用了协商理念。协商机制的建立是我国政府实现对高校分类指导的关键。协商机制的构建应遵循各方平等自由、共享权利、最终政策体现多元利益的原则。机制的建立还应当有一个稳定的程序,成立一个协调委员会,协商参与方自由阐述自己的主张并逐步明晰要解决的问题,参与者积极互动,各自做出一些妥协和让步,最终制定公认的可操作的政策规划。政府对高校分类指导的制度安排主要包括四个方面,一是高校类型定位,多元主体协商制定指导性的高校分类标准,政府在高校自主定位、社会中介参与分类的前提下进行最终的分类认定；二是多元主体明确划分各自权、责、利；三是高校评估与质量保障,制定多样化的分类评估指标体系,培育公信度高的第三方评估组织,充分利用协约性规则保障教育质量；四是资源配置的方式,在生源、经费、扶持政策方面公平对待各类学校。