多小穗小麦种质10-A穗部相关性状的基因定位

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小麦是世界上重要的粮食作物之一。小麦穗部性状对小麦最终产量的形成具有重要贡献。其中,小穗数、千粒重和芒长是小麦穗部性状的重要组成。本研究采用集群分离分析(bulked segregant analysis,BSA)法,利用小麦660K SNP芯片,对多小穗种质10-A构建的10-A/BE89 F7 RIL群体的小穗数和芒长,10-A/B39 F6 RIL群体的千粒重和芒长进行了初步的基因定位,并结合qRT-PCR分析筛选候选基因,为相关性状的精细定位、基因克隆和分子标记辅助育种奠定基础。本研究主要研究结果如下:(1)田间性状调查表明,10-A与BE89和B39在小穗数、千粒重和芒长均存在显著差异。群体10-A/BE89 F7的平均小穗数和芒长分别为22.35和3.63cm,变异系数为10.55%和63.67%,群体10-A/B39 F6平均千粒重和芒长分别为47.3g和3.78cm,变异系数为21.47%和72.81%。选择群体中各性状30个极大值系和30个极小值系分别组成极值混合池。利用小麦660K SNP芯片检测亲本和极值混合池,在10-A/BE89群体中共检测到5070个多态性SNP位点,其中4A最高有518个,4D最少为20个;在10-A/B39群体中共检测到3923个多态性SNP位点,3B最多达865个,4D最少仅16个。(2)在10-A/BE89群体小穗数极端池间共检测到177个差异SNP,在6B上检测到p-SNP比值(染色体上的混合池间差异SNP数与亲本间差异SNP数比值)最高,为22.75%。其中在物理位置170Mb处c-SNP比值(滑动区间内混合池间差异SNP数与亲本间差异SNP数比值)最大,选取该位置20Mb区段为候选区间C1,共包含3个差异SNP位点。该区间共检索到109个候选基因,其中3个基因与SNP位点有关。(3)在10-A/B39群体的千粒重极端池间检测到197个差异SNP。在5A上p-SNP比值最大,为35.9%。c-SNP比值在物理位置80Mb时最大,取70-90Mb为候选区间C3,并推测为控制千粒重的新区间。该区间共检索到106个候选基因,有20个基因与差异SNP有关。(4)芒长混合池间p-SNP比值在7B(10-A/BE89群体)和3B(10-A/B39群体)最大,分别为10.07%和29.83%。在7B的760Mb处上c-SNP比值最大,取750-770Mb区间为候选区域C2,包含了25个候选基因,其中9个基因与差异SNP位点有关。在3B位置270Mb和310Mb上c-SNP比值最大,分别取区段260-280Mb和300Mb-310Mb为候选区间C4和C5。在两个区间内共检索到了64个候选基因,其中有10个基因与多态性SNP关联。所检测到的3个区间可能是控制芒长的新位点。(5)从5个候选区域共筛选到42个候选基因,经RT-PCR筛选到亲本间差异的小穗数、千粒重和芒长候选基因分别为1个、4个和5个。进一步的qRT-PCR分析表明,千粒重候选基因TaAPRT-5A和TaUFO-5A,芒长候选基因TaAL7B.2在供试材料间存在显著差异。其中,TaAPRT的同源基因编码腺嘌呤磷酸核糖转移酶(APRT),TaUFO的同源基因编码异常花生器官(UFO)蛋白,而TaAL7B.2在数据库中没有注释信息。其余7个候选基因在亲本验证材料中均无显著差异。
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