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口蹄疫(Foot-and-Mouth Disease，FMD)是由口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease Virus，FMDV)引起的牛、羊、猪等偶蹄动物感染的一种烈性传染病，该病的发生和流行严重危害畜牧业的健康持续发展，造成巨大的经济损失，因此世界各国相当重视对该病的研究和防制。本试验以牛FMDV分离株HLJOC12／03细胞培养毒为材料，提取病毒总RNA，以提取的RNA为模板，根据参考序列设计合成特异性引物，通过RT-PCR方法获得了此株病毒基因组的核苷酸序列，并将其克隆到pMD18-T载体上，转化宿主菌TG1感受态细胞中，经PCR、酶切鉴定以及测序证明得到了此株病毒各段基因。利用DNAStar软件包中的SepMan软件进行序列拼接，基因组测得的5’非编码区(5’UTR)长1052个核苷酸(nt)，IRES长455nt；L编码区基因长603nt，编码201个氨基酸(aa)；P1编码区基因长2002nt，编码734aa；P2编码区基因长1470nt，编码490aa；P3编码区基因长2721nt，编码907aa；3’UTR从TAA始至poly(A)前长93nt，所测出poly(A)尾长度为16nt；由此本毒株已测得基因长为8158nt，编码区长6999nt，编码2332aa，将所得序列与国内外FMDV参考序列进行同源性比较和分析，绘出遗传进化树图谱，发现此株病毒属于O型FMDV的SEA拓扑型。将FMDV HLJOC12／03与10株参考毒株进行了比较，分析结果显示：FMDV HLJOC12／03基因组核苷酸序列与参考毒株O5india同源性最高，为90.6％；与C3Indaial同源性最低，为84.0％。与参考毒株的氨基酸同源性比较结果表明，与O5india同源性最高，为96.6％；其次是Tibet／CHA／99，为95.9％；最低是Asia1ZB／CHA／58，为90.5％。VP1暴露在病毒颗粒的表面，是诱导产生中和抗体的主要成分，FMDV HLJOC12／03 VP1与参考毒株核苷酸序列同源性最高的是Tibet／CHA／99，为85.3％；最低是C3Indaial，为62.7％；而氨基酸序列的同源性最高的是O5india，为92.9％；最低是Aarg2001，为65.1％。同时分别根据FMDV HLJOC12／03 L、VP1、3C核苷酸序列与10株参考毒株建立了系统发生树，研究其遗传关系，可以为我们提供型间重组这一偶然事件发生的可能依据，分析结果表明：与Asia1-2ISRL的VP1蛋白编码区遗传关系较远，但L、3C蛋白编码区遗传关系较近，说明HLJOC12／03与Asia1-2ISRL有基因重组的可能。本研究为进一步研究FMDV的分子结构及探明病毒的遗传演化关系、基因工程疫苗的研制等提供参考数据。