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虫媒病毒(Arboviruses)是一类可通过吸血节肢动物叮咬敏感脊椎动物宿主而在人畜间进行传播的病毒,能使人和动物患病。该类病毒生活史复杂,大都具有宿主动物且存在能携带该病毒的媒介昆虫,能在自然环境中稳定存在和循环。云南省地处于我国的西南边陲,特殊的地理环境和气候条件使这里物种丰富,蚊虫和小型哺乳动物多样,有利于虫媒病毒的繁殖与传播。另一方面,啮齿动物作为许多自然疫源性疾病病原体(包括虫媒病毒)的储存宿主,对自然疫源性疾病的传播具有重要作用。本课题组于2007-2010年在云南省开展蚊媒病毒调查,共得到82份病毒分离物,已明确其中70份病毒分离物的分类地位,涉及6个病毒科的8种病毒,有12份病毒分离物尚待鉴定。本研究在既往研究工作的基础上,对前期分离的未知分离物进行鉴定与分子生物学特征研究,对云南省野生啮齿动物及其可能携带的病原体开展调查,旨在了解该地区自然疫源性疾病的分布以及潜在流行风险。运用高通量测序的方法对12份未知病毒分离物进行鉴定,明确了其中10份病毒分离物的分类地位,并获得了全基因组序列,包括:类环状病毒1份,命名为版纳环状病毒(Banna orbivirus,BAOV);伊蚊黄病毒6份,命名为云南伊蚊黄病毒(Yunnan Aedes-related flavivirus,YNAeFV);库蚊黄病毒3份,命名为云南库蚊黄病毒(Yunnan Culex-related flavivirus,YNCxFV);由于在一份病毒分离物中可同时存在多种虫媒病毒,在明确了10份病毒分离物的基础上,又获得了类弹状病毒3份,命名为勐海弹状病毒(Menghai rhabdovirus,MRV)。其中2份标本同时检测到MRV和YNAeFV,1份同时检测到MRV和YNCxFV。BAOV来源于勐海县的三带喙库蚊,其基因组由10个节段(S1-S10)组成,S1、S7和S10节段基因核苷酸序列与西藏环状病毒(Tibet orbivirus)XZ0906同源性最高,而在S2、S4、S6和S8与Fengkai环状病毒同源性最高,S3节段与西藏环状病毒-XZ0906和Fengkai环状病同源性均为80%,可认为BAOV是由这两种环状病毒经基因重组而形成的新型环状病毒。3株MRV分别来自于勐海县的白蚊伊蚊和三带喙库蚊,Blast分析显示,其全基因组核苷酸序列与分离自秘鲁蚊虫中的Arboretum病毒的同源性最高,但覆盖率仅为14%,同源性为66%;遗传进化分析显示,MRV是弹状病毒科未进行分类的新种。新鉴定的6份YNAe FV均来自勐海县采集的白蚊伊蚊,它们之间全基因组核苷酸序列的同源性为71%-99%,又可分为两种不同的伊蚊黄病毒,分别命名为西双版纳黄病毒(Xishuangbanna flavivirus,XFV)和勐海黄病毒(Menghai flavivirus,MFV);这两种黄病毒均与分离自澳大利亚的另一种伊蚊黄病毒-帕拉马塔河病毒(Parramatta River virus)同源性最高,但仅为65%-68%,提示这两株黄病毒为黄病毒属的新种。新鉴定的3份YNCxFV与我们此前分离鉴定的黄病毒LSFlaviV-A20-09分离株为同一种库蚊黄病毒。采用夹夜法和笼捕法在云南省贡山地区共捕获野生小型哺乳动物759只,涉及14个属35种,再次证实了云南地区小型哺乳动物的物种多样性。构成比由高至低为姬鼠属、绒鼠属、白腹鼠属、长尾鼩属、鼩鼱属、短尾鼩属、鼠兔属、家鼠属、麝鼩属、田鼠属、鼩鼹属、攀鼠属、针鼹属和长吻松鼠属,其中姬鼠和绒鼠分别占捕获小型哺乳动物总数的29.1%和17.4%,为该地区小型哺乳动物的优势属。运用巢式PCR的方法,对其中541只野生小型哺乳动物进行病毒学和细菌学检测,结果检测到7份汉坦病毒、12份新埃立克体、2份沃尔巴克氏体、3份巴尔通体和4份恙虫病东方体,分别来自于鼩鼱、麝鼩、姬鼠、绒鼠、白腹鼠、灰腹鼠、大足鼠、社鼠。经Blast比对分析显示,检测到的新埃立克体与GenBank中的米库尔新埃立克体暂定种(Candidatus Neoehrlichia mikurensis)的多个菌株同源性均为99.0%;沃尔巴克氏体与果蝇的内共生沃尔巴克氏体的wInc_Cu分离株同源性最高,为98.0%;巴尔通体与分离自欧洲的多株巴尔通体同源性较高,为99.0%。4份恙虫病东方体中,2份核苷酸序列同源性为97.4%均与来自于韩国的Boryong血清型的2014-H30株同源性最高,为97.0%;1份与来自于韩国的Karp血清型的2014-JN08株同源性最高,为86%;另一份与Kato-related血清型同源性最高,为86.0%,系统发生树显示,其与Kato-related位于同一分支。提示这两份标本可能是恙虫病东方体Karp血清型和Kato-related血清型菌株的变异株。本研究在既往研究的基础上,鉴定出几种新的蚊媒病毒,丰富了蚊媒病毒的种类,拓展了我们对蚊媒病毒的认识,可为不明原因发热病人的病原学诊断提供新的参考。此次调查进一步证实云南省小型哺乳动物物种及其携带病原体的多样性,对相关自然疫源性疾病的防控具有指导意义。