系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种多重遗传因素和环境因素相互作用的复杂疾病,功能基因筛选法和全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)是基于查找病例-对照之间存在频率差异的遗传多态性发现疾病易感基因的主要方法,其中最常见的遗传多态性是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),但上述方法存在多中心研究结果不一致等问题,需要反复验证和生物学功能验证。目前发现众多的SLE易感基因,其中信号转导与转录激活因子(signal transducer and activator of transcription4, STAT4)因参与SLE的多种免疫紊乱备受关注；另外对凋亡及炎症反应具有重要调节功能的线粒体DNA (mitochondria DNA, mtDNA)在SLE中的探讨较少。在多个独立样本中重复验证STAT4SNPs与SLE的关联性及进行深入的生物功能学验证是一项重要任务,同时发现新的可能与SLE相关联的mtDNA多态性是另一项充满吸引力的工作。目的：以湖南地区汉族女性为对象,1)探讨通过特征mtSNPs8701A/G、10398A/G和10400C/T区分的汉族人M和N宏单倍型组之间的SLE风险差异性；2)分析核基因STAT4中SNPrs3821236G/A的SLE风险相关性,并初步比较两种SNP基因型携带者之间STAT4mRNA的表达水平差异。方法：采用等位基因特异性扩增方法、PCR-RFLP (PCR-restriction fragment length polymorphism)分析进行SLE-对照大样本个体mtDNAM/N分型、STAT4rs3%21236等位基因分型,并分析其组间频率分布差异及与SLE各临床表型的相关性。利用qRT-PCR检测SLE及对照外周血有核细胞总STAT4,及异构体STAT4α、STAT4β mRNA表达水平。结果：1)868例女性SLE患者中mtDNA M和N单倍型个体分别为429例(49.4%)、439例(50.6%),870例对照组中分别为456例(52.4%)、414例(47.6%),二者无显著性差异(P=0.213),但与≧50岁的健康对照相比,mtDNAN单倍型频率在≧50岁的SLE病例组升高(59.6%vs41.7%,P=0.042)。进一步分析mtDNA M/N单倍型与SLE起病年龄、有无狼疮肾炎等临床表型的相关性,发现mtDNAN单倍型可能为SLE发生血液系统损害(P=0.000,OR=2.128)、皮肤损害(P=0.000,OR=1.873)、神经系统改变(P=0.000,OR=3.956)及脱发(P=0.044,OR=1.322)的危险因素。2)PCR-PFLP(Ban Ⅰ)方法成功进行了STAT4rs3821236G/A等位基因分型。3)475例女性SLE患者中STAT4rs3821236AA、AG、GG双等位基因型个体分别为125例(26.3%)、238例(50.1%)、112例(23.6%),548例健康对照中三种基因型个体分别为105例(19.2%)、249例(45.4%)、194例(35.4%),两组间A基因型频率分别为51.4%、41.9%,即SLE组STAT4rs3821236AA双等位基因型及A基因型频率明显升高(P=8×10-,OR=1.656;P=1.76×10-5, OR=1.466)。同时分析其与SLE发病年龄等临床表型相关性,发现STAT4rs3821236A基因型可能增加狼疮肾炎(P=0.026,OR=1.345)、脱发的风险(P=0.000,OR=1.684)。4)与19例正常对照相比,11例活动期SLE患者总STAT4mRNA表达升高1.044倍,STAT4α升高约1.103倍,而STAT4β降低约0.819倍；在11例SLE患者中携带STAT4rs3821236风险基因型(AA+AG)的个体总STAT4、STAT4α、STAT4β、mRNA表达水平分别上升2.288倍、1.763倍、1.981倍。结论：1)mtDNA N单倍型增大湖南汉族女性携带者晚发SLE发病风险；并且携带mtDNA N单倍型的患者更容易发生皮肤损害、血液系统损害、神经系统改变及脱发。2)STAT4rs3821236A基因型及AA双等位基因型增大湖南汉族女性携带者发生SLE的风险；且STAT4rs3821236A基因型增加SLE患者发生狼疮肾炎及脱发风险。