论文部分内容阅读
胃癌在全球范围内仍是危害人类健康的一种重要癌症,最新统计数据表明2018年胃癌发病率和死亡率在全球恶性肿瘤中分别占第五位和第三位,其中,亚洲东部地区胃癌的年龄标准化发病率最高。虽然近年来胃癌发病率和死亡率均有下降趋势,但由于人口老龄化加剧,我国胃癌实际发病人数和死亡人数仍在增加。胃癌的发生发展是包括基因、环境、行为和感染等多种因素共同作用引起的,近年来随着对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)研究的增多,发现其异常表达在胃癌的发展进程中具有重要作用,lncRNA的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与胃癌的关系也逐渐被关注。已有研究报道,NEAT1在结直肠癌、乳腺癌、胃癌等多种肿瘤中表达异常,从而参与肿瘤的发生、转移和预后等过程,然而尚未发现有NEAT1 SNPs与胃癌遗传易感性的关联研究。目的探索NEAT1的四个标签SNPs(rs550894、rs3825071、rs580933和rs7943779)与胃癌遗传易感性之间的关联,并对关联研究发现的有意义的SNPs位点进行初步功能验证。方法(1)生物信息学筛选NEAT1的SNPs:结合NCBI、Ensembl等多种数据库和Haploview 4.2软件,可获得中国人群(CHB)中NEAT1基因上的标签SNPs;然后利用lncRNASNP2和RNAfold功能预测网站从标签SNPs中筛选出具有潜在功能的SNPs位点。(2)基因分型实验:采用频数匹配的病例对照研究设计,对照组和病例组按照性别和年龄(±2岁)进行匹配。采用PASS 15.0软件计算所需样本量,最终纳入484名胃癌病例和484名健康对照人群。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对rs550894、rs3825071和rs7943779三个位点进行基因分型,采用创造性酶切位点原理结合PCR-RFLP方法(CRS-PCR-PFLP)对rs580933位点进行基因分型。(3)荧光实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR):采用qRT-PCR实验检测rs3825071位点不同基因型血浆中NEAT1的相对表达量。(4)统计分析方法:采用SPSS 21.0进行统计分析。病例和对照基本特征的组间比较采用t检验或χ2检验;对照人群各SNP位点的Hardy-Weinberg平衡采用拟合优度χ2检验;SNP多态性与胃癌遗传易感性之间的关联分析采用非条件Logistic回归分析;NEAT1单体型分析采用SHEsis在线软件;SNP与基本特征之间的基因-环境交互作用采用多因子降维法(MDR 2.0软件)。结果(1)NEAT1 rs3825071和rs7943779位点多态性与胃癌易感性相关。rs3825071位点风险等位基因为A,与GG基因型相比,AG基因型(OR:1.74,95%CI:1.28-2.37)与AG+AA基因型(OR:1.72,95%CI:1.27-2.32)可以使胃癌的患病风险增加。rs7943779位点风险等位基因也为A,相比于GG基因型,AG基因型(OR:1.63,95%CI:1.19-2.23)与AG+AA基因型(OR:1.63,95%CI:1.19-2.22)可以增加胃癌的患病风险。(2)基于显性模型的分层分析结果显示,在每个因素的所有亚层或部分亚层中携带rs3825071 A等位基因和rs7943779 A等位基因均能增高胃癌的患病风险;而携带rs550894 T等位基因只在不吸烟(OR:1.62,95%CI:1.10-2.40)和不饮酒人群(OR:1.52,95%CI:1.10-2.09)中使胃癌的患病风险增高。(3)NEAT1单体型分析结果显示,Grs7943779Grs580933Grs550894Grs3825071单体型在病例组(51.82%)和对照组(57.16%)中出现频率均为最高,与降低胃癌的患病风险相关(OR:0.83,95%CI:0.69-0.99);Ars7943779Grs580933Grs550894Ars3825071单体型可增高胃癌的患病风险(OR:1.56,95%CI:1.15-2.11)。(4)NEAT1等位基因突变个数与胃癌遗传易感性的关联分析结果显示,随着等位基因突变数目的增加,胃癌的患病风险有增高趋势(Ptrend=0.009),与个体携带0个突变等位基因相比,携带2个和≥3个突变等位基因数目的个体有较高的胃癌患病风险,其ORs值分别为1.50(95%CI:1.07-2.10)和1.88(95%CI:1.26-2.80)。(5)基因环境交互作用结果显示,包含饮酒和rs3825071的二阶交互模型为最优模型,有饮酒史并且携带rs3825071 A等位基因的人群患胃癌的风险是无此两个因素组合人群的2.10倍(OR:2.10;95%CI:1.63-2.72)。(6)qRT-PCR结果显示,rs3825071多态性与血浆中NEAT1的相对表达量相关,AG(1.42±0.69)和AA(1.70±0.65)基因型携带者NEAT1的相对表达量高于GG基因型(1.06±0.53)。结论(1)携带NEAT1 rs3825071 A等位基因(AG/AG+AA)和rs7943779 A等位基因(AG/AG+AA)均可以增加胃癌的患病风险。(2)NEAT1 Grs7943779Grs580933Grs550894Grs3825071单体型可减少胃癌的患病风险,Ars7943779Grs580933Grs550894Ars3825071单体型可增高胃癌的患病风险。(3)饮酒与rs3825071 A等位基因之间存在交互作用,可以增加胃癌的患病风险。(4)NEAT1 rs3825071基因型与血浆中NEAT1的相对表达量相关,携带风险等位基因A(AG+AA基因型)的个体NEAT1的相对表达量高于GG基因型。