水杉野生种群仅分布在我国湖北利川、湖南龙山、重庆石柱,是我国乃至世界的珍稀濒危植物。研究水杉野生种群的遗传多样性和空间遗传结构有助于开展水杉野生种群的保护和管理工作。本研究以5626株水杉野生大树为研究对象,涵盖了几乎所有的野生水杉个体,采用8对微卫星引物全面分析水杉野生种群的遗传多样性和空间遗传结构。同时结合Arc GIS地理信息技术中的克里金（Kriging）空间插值法试图使连续分布的水杉野生种群空间遗传结构可视化。得到主要结论如下:1)水杉野生种群的平均等位基因数（A）为12.750,平均等位基因丰富度（AR）为12.171,平均观察杂合度（HO）和平均期望杂合度（HE）分别为0.554和0.549。结果表明水杉野生种群的遗传多样性为中等水平。2)基于贝叶斯方法,我们使用了两种软件对种群遗传结构进行了分析。STRUCTURE结果显示水杉野生种群可分为2个遗传类群,GENELAND则显示为1个遗传类群。3)结合遗传信息和地理位置将所有水杉个体划分为3个亚种群。西北亚种群（NW）遗传多样性最高,其次为南部亚种群（S）,东北亚种群（NE）的遗传多样性最低。西北亚种群（NW）与南部亚种群（S）间的遗传分化水平较低,东北亚种群（NE）与西北（NW）和南部亚种群（S）之间均存在中等水平的遗传分化。4)对所有水杉个体做空间自相关分析,发现个体在4 km范围内呈现出地理距离和亲缘系数显著的正相关关系,4 km范围外个体呈现出显著的负相关关系。