自2015年开展改革试点工作以来,我国生态环境损害赔偿制度逐步探索推进,并于2017年12月正式印发《生态环境损害赔偿制度改革方案》。在改革方案中规定了磋商前置,磋商不成才能提起诉讼。磋商制度作为一种解决生态环境损害赔偿问题的创新方式,为救济生态环境损害提供了多样化的指导作用,该制度在运行中发挥了良好的效果,但在理论研究和实践运行中仍存在一些问题。本文通过梳理生态环境损害赔偿磋商制度的发展沿革、制度现状,指出磋商制度现存问题。一方面,由于行政主体在磋商过程中的主导性地位及实质目标的公共性导致磋商制度带有浓厚的公法属性,而磋商过程中强调的协商、合作等理念一定程度上又为磋商制度增添了一些私法属性,因此对于磋商制度的法律属性存在“行政磋商说”与“民事磋商说”两种争议。另一方面,在磋商制度实际运行过程中存在以下问题:因行政机关的多重身份易使磋商主体地位不平等而导致利益失衡;赔偿权利人主导前期调查、鉴定、编制修复方案等工作,导致磋商范围限定于修复方案,而实际过程中大多数磋商过程演变为对赔偿数额是否认可;生态环境损害赔偿诉讼与环境公益诉讼在适用范围上存在重叠而现阶段缺乏明确的适用规则,在磋商制度运行中将引发磋商与环境公益诉讼的衔接问题,同时磋商与环境刑事诉讼的衔接也存在模糊不清之处。鉴于以上存在的问题,本文提出了一些针对性建议。首先可借鉴德国法上的双阶理论将磋商制度划分两个阶段以兼顾其公法与私法元素,进而明确其用私法手段实现公法目的的深层机理,其次通过确立主持磋商主体、确定启动与终止条件、完善协议履行后续保障、建立政府责任制等磋商程序性规则以保障磋商主体地位平等并平衡各方利益,再次在损害评估、修复治理方案、赔偿范围及数额等问题上允许赔偿义务人参与并提出异议,最后明晰磋商与关联诉讼的关系以保障磋商制度的顺利运行。