蒙原羚（Procapra gutturosa）隶属于原羚属,主要分布于蒙古国、俄罗斯以及中国。呼伦湖国家级自然保护区（以下简称:呼伦湖保护区）的蒙原羚种群是由8只个体经过17年左右的时间形成的局域种群。然而,近年来,受近亲繁殖和人类活动影响,该蒙原羚种群表现出种群增长减缓等现象。因此,为了该种群长久健康的发展及科学的保护,我们基于8对微卫星位点和线粒体Cytb基因对该局域种群的遗传多样性进行检测,并结合宏基因组的手段,对其肠道微生物进行了分析。通过线粒体Cytb基因和微卫星分析发现,呼伦湖保护区蒙原羚种群的单倍型多样性为0.926、核苷酸多样性为0.00401、观测等位基因数为5.000、有效等位基因数为2.636、Shannon指数为1.070、观测杂合度为0.523、期望杂合度为0.523,这些衡量遗传多样性大小的参数均低于中蒙边境地区的蒙原羚种群。这表明呼伦湖保护区的蒙原羚种群的遗传多样性低于中蒙边境地区的蒙原羚种群。此外,基于微卫星发现这两个蒙原羚种群的遗传分化系数为0.11166,基于线粒体Cytb基因发现其遗传分化系数为0.18153。这表明呼伦湖保护区的蒙原羚种群与中蒙边境地区的蒙原羚种群已经产生了显著的遗传分化。经过高通量测序,我们获得114 Gb的宏基因组有效数据。基于KEGG和CAZy数据库注释结果发现,中蒙边境地区蒙原羚种群的α-L-鼠李糖苷酶、α-L-岩藻糖苷酶、α半乳糖苷酶、α葡萄糖苷酶、β半乳糖苷酶以及β葡萄糖醛酸酶等与糖类物质消化吸收有关的酶均显著高于呼伦湖保护区的蒙原羚种群。这表明中蒙边境地区的蒙原羚种群在寒冷的冬季对有限的食物资源利用率更高。但是,呼伦湖保护区的蒙原羚种群在萘的降解（ko00626）上显著高于中蒙边境地区的蒙原羚种群,而环境中的萘大多来源于人类活动。这表明呼伦湖保护区的蒙原羚种群可能是受人为因素的影响,为了维持自身微生态系统的平衡,因此其对萘的降解能力较强。综上所述,无论是从遗传多样性方面还是肠道微生物方面,均表明呼伦湖保护区的蒙原羚种群应对环境变化的能力较弱。