本研究以中国部分地方黄牛皖南牛、吉安黄牛、威宁黄牛、务川黑牛、隆林黄牛、涠洲黄牛、秦川牛、迪庆黄牛、三江牛、徐闻牛和三个引进品种西门塔尔牛、夏洛来牛、德国黄牛为研究对象,采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的15对微卫星DNA引物,以ABI3100-Avant全自动基因序列分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术,检测了10个中国地方黄牛和3个引进品种,共计756个个体的基因型,并对标记后扩增产物进行序列分析。通过计算等位基因数和频率、特有等位基因数、杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、Nei氏遗传距离(DA)和Nei氏标准遗传距离(DS),采用非加权组平均法等方法,分析了中国地方黄牛群体内和群体间的遗传变异。结果如下:1、在15个微卫星座位上共检测到了242个等位基因,每个座位平均等位基因是16.1个,ILSTS034座位的等位基因最多,达到26个,ILSTS054和BM1824座位的等位基因最少,为10个,其余座位等位基因在11~22之间。13个黄牛品种中,平均等位基因数在7~11个,三江牛和西门塔尔牛、德国黄牛的平均等位基因数最少,威宁黄牛、务川黑牛和隆林黄牛的平均等位基因数最多。13个黄牛品种的遗传多样性丰富,遗传变异较大。2、在13个黄牛品种中,共发现32个特有等位基因,除务川黑牛、隆林黄牛和德国黄牛没有特有等位基因,其他黄牛都至少在某一微卫星座位上有一特有等位基因,其中秦川牛和迪庆黄牛的特有等位基因数最多,达到5个。在15个微卫星座位中,ILSTS054和SPS115两个座位没有发现特有等位基因,TGLA122的特有等位基因数最多,为6个。13个中外黄牛品种在15个微卫星座位中的特有等位基因频率都比较低,只有夏洛来牛在ETH185座位上的243bp等位基因频率(0.052)和德国黄牛在TGLA122座位上的180bp等位基因频率(0.112)大于0.05。13个中外黄牛品种在15个微卫星座位中一共发现19个优势等位基因,等位基因频率都大于0.50。3、13个黄牛品种在15个微卫星座位上,多态信息含量(PIC)、群体杂合度和有效等位基因数,分别为0.3232~0.8973,0.3340~0.9043和1.5016~10.4534。务川黑牛在ILSTS034座位上最高,西门塔尔牛在INRA032座位上最低。ILSTS034座位的平均多态信息含量和平均杂合度都最高,达到0.8250和0.8381,HEL13座位的最低,分别为0.6052和0.6479 ;迪庆黄牛的这三项指标最高,分别为0.7744,0.8003和5.3573,德国黄牛的最低,分别为0.6203,0.6651和3.3308。13个黄牛品种遗传变异较大,迪庆黄牛的遗传变异最大,德国黄牛最小。本研究所选用的15个微卫星座位,属于高度多态性座位,可以用于黄牛的遗传多样性的分析研究。4、10个地方黄牛品种与3个引进品种之间有很大差异,两者之间的遗传距离较大。10个地方黄牛品种中,皖南牛、吉安黄牛、隆林黄牛、涠洲黄牛和徐闻牛之间的遗传距离都很小(DA为0.0646~0.1286,DS为0.0356~0.0987);而三江牛与其它地方黄牛品种间的遗传距离较大,为0.1373~0.2647(DA)和0.1628~0.3466(DS)。在3个引进品种之间的遗传距离较小。5、13个黄牛品种聚为三大类,第一类为皖南牛、吉安黄牛、隆林黄牛、涠洲黄牛和徐闻牛;第二大类为威宁黄牛、务川黑牛、迪庆黄牛、秦川牛和三江牛;第三大类为西门塔尔牛、夏洛来牛和德国黄牛三个外来品种。